DMRcate

DOI:10.18129 / B9.bioc.DMRcate

这个包是3.13版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅DMRcate。

甲基化数组和测序空间分析方法

Bioconductor版本:3.13

新创的识别和提取差异甲基化区域(dmr)使用亚硫酸氢全基因组测序人类基因组(WGBS)和Illumina公司英飞纳姆数组(450 k和史诗)数据。提供了过滤功能探针可能SNPs和cross-hybridisation抱愧蒙羞。包括农庄组织生成和绘制功能。

作者:Tim Peters

维护人员:Tim Peters < t。彼得斯在garvan.org.au >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“DMRcate”)

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文档

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browseVignettes (“DMRcate”)

PDF	R脚本	DMRcate包的用户指南
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	报道,DNAMethylation,DataImport,DifferentialExpression,DifferentialMethylation,表观遗传学,GeneExpression,遗传学,GenomeAnnotation,MethylationArray,微阵列,MultipleComparison,OneChannel,预处理,质量控制,测序,软件,TimeCourse,TwoChannel,WholeGenome
版本	2.6.0
Bioconductor自	BioC 2.14 (r - 3.1)(7.5年)
许可证	文件许可证
取决于	R (> = 3.6.0),minfi,SummarizedExperiment
进口	ExperimentHub,bsseq,GenomeInfoDb,limma,刨边机,DSS,missMethyl,GenomicRanges、方法、图形plyr,Gviz,IRanges,统计,跑龙套,S4Vectors
链接
建议	knitr,RUnit,BiocGenerics,IlluminaHumanMethylation450kanno.ilmn12.hg19,IlluminaHumanMethylationEPICanno.ilm10b4.hg19
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我	冠军,methylationArrayAnalysis
进口我
建议我	missMethyl
我的链接
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 指示在R会话中使用这个包。

源包	DMRcate_2.6.0.tar.gz
Windows二进制
macOS 10.13(高山脉)	DMRcate_2.5.1.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/DMRcate
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ DMRcate
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/DMRcate/
包下载报告	下载数据