HiCDCPlus

DOI:10.18129 / B9.bioc.HiCDCPlus

这个包是3.13版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅HiCDCPlus。

高c直接调用者+

Bioconductor版本:3.13

系统的3 d交互调用和微分分析高c和HiChIP。HiC-DC +(高c / HiChIP直接调用者+)包使原则高c和HiChIP数据集的统计分析,包括重要的相互作用在一个实验中,执行微分分析条件给定的复制实验-促进全球一体化研究。HiC-DC +估计显著交互高c或HiChIP实验直接从原始接触矩阵对每个染色体基因组指定的距离,由统一封存或限制性内切酶片段基因组间隔,通过训练背景模型考虑到随机聚合物结扎和系统化的阅读数变异的来源。

作者:Merve领域(cre, aut)

维护人员:Merve领域< Merve。在gmail.com sahn >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“HiCDCPlus”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“HiCDCPlus”)

HTML	R脚本	分析高c和与HiCDCPlus HiChIP数据
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	DNA3DStructure,嗝,归一化,软件
版本	1.0.0
Bioconductor自	BioC 3.13 (r - 4.1)(< 6个月)
许可证	GPL-3
取决于
进口	Rcpp,InteractionSet,GenomicInteractions,bbmle,pscl,BSgenome,data.table,dplyr,tidyr,GenomeInfoDb,rlang样条函数,质量,GenomicRanges,IRanges,宠物猫,R.utils,Biostrings,rtracklayer、方法、S4Vectors
链接	Rcpp
建议	BSgenome.Mmusculus.UCSC.mm9,BSgenome.Mmusculus.UCSC.mm10,BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19,BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg38,RUnit,BiocGenerics,knitr,rmarkdown,HiTC,DESeq2,矩阵,BiocFileCache,rappdirs
SystemRequirements	JRE 8 +
增强了	平行
URL
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进口我
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构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 指示在R会话中使用这个包。

源包	HiCDCPlus_1.0.0.tar.gz
Windows二进制	HiCDCPlus_1.0.0.zip(32位和64位)
macOS 10.13(高山脉)	HiCDCPlus_1.0.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/HiCDCPlus
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ HiCDCPlus
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/HiCDCPlus/
包下载报告	下载数据