MethCP

DOI:10.18129 / B9.bioc.MethCP

这个包是3.13版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅MethCP。

差异甲基化anlsysis重亚硫酸盐测序数据

Bioconductor版本:3.13

MethCP是一个差异甲基化区域(DMR)检测全基因组重亚硫酸盐测序(WGBS)数据的方法,它适用于大范围的实验设计超出了两群比较,时间进程等数据。MethCP标识dmr基于变化点检测,这自然基因组片段并提供区域层次上微分分析。

作者:男孩锣(aut (cre)

维护人员:男孩龚< jorothy_gong berkeley.edu >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“MethCP”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“MethCP”)

HTML	R脚本	methcp:用户指南
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	DifferentialMethylation,测序,软件,TimeCourse,WholeGenome
版本	1.6.0
Bioconductor自	BioC 3.10 (r - 3.6)(2年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (> = 3.6.0)
进口	方法,跑龙套,统计数据,S4Vectors,bsseq,DSS,methylKit,DNAcopy,GenomicRanges,IRanges,GenomeInfoDb,BiocParallel
链接
建议	testthat,knitr,rmarkdown
SystemRequirements
增强了
URL
BugReports	https://github.com/boyinggong/methcp/issues
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 指示在R会话中使用这个包。

源包	MethCP_1.6.0.tar.gz
Windows二进制	MethCP_1.6.0.zip
macOS 10.13(高山脉)	MethCP_1.6.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/MethCP
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ MethCP
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/MethCP/
包下载报告	下载数据