Rsamtools

DOI:10.18129 / B9.bioc.Rsamtools

这个包是3.13版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅Rsamtools

二进制对齐(BAM)、FASTA变体叫(供应量),和tabix文件导入

Bioconductor版本:3.13

这个包提供了一个接口“samtools”,“bcftools”,和“tabix”实用程序操纵山姆(序列比对/地图),FASTA、二进制变量调用(供应量)和压缩索引一样(tabix)文件。

作者:马丁·摩根Herve页,瓦莱丽•Obenchain纳撒尼尔·海登

维修工:Bioconductor包维护者<维护者bioconductor.org >

从内部引用(R,回车引用(“Rsamtools”)):

安装

安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“Rsamtools”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“Rsamtools”)

PDF R脚本 介绍Rsamtools
PDF 参考手册
文本 新闻
文本 许可证
视频 堆积在Rsamtools

细节

biocViews 对齐,报道,DataImport,质量控制,测序,软件
版本 2.8.0
Bioconductor自 BioC 2.6 (r - 2.11)(11.5年)
许可证 艺术- 2.0 |文件许可证
取决于 方法,GenomeInfoDb(> = 1.1.3),GenomicRanges(> = 1.31.8),Biostrings(> = 2.47.6)、R (> = 3.5.0)
进口 跑龙套,BiocGenerics(> = 0.25.1),S4Vectors(> = 0.17.25),IRanges(> = 2.13.12),XVector(> = 0.19.7),zlibbioc,bitops,BiocParallel,统计数据
链接 Rhtslib(> = 1.17.7),S4Vectors,IRanges,XVector,Biostrings
建议 GenomicAlignments,ShortRead(> = 1.19.10),GenomicFeatures,TxDb.Dmelanogaster.UCSC.dm3.ensGene,TxDb.Hsapiens.UCSC.hg18.knownGene,RNAseqData.HNRNPC.bam.chr14,BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19,RUnit,BiocStyle
SystemRequirements GNU使
增强了
URL //www.andersvercelli.com/packages/Rsamtools
BugReports https://github.com/Bioconductor/Rsamtools/issues
取决于我 ArrayExpressHTS,BaalChIP,BitSeq,食典委,contiBAIT,CoverageView,esATAC,exomeCopy,弗雷泽,GenomicAlignments,GenomicFiles,girafe,gmapR,HelloRanges,感兴趣,leeBamViews,MEDIPS,methylPipe,MMDiff2,podkat,r3Cseq,Rcade,RepViz,ReQON,rfPred,RiboDiPA,rnaSeqMap,范围,测序,SGSeq,ShortRead,SICtools,SNPhood,ssviz,systemPipeR,TarSeqQC,TBX20BamSubset,TEQC,VariantAnnotation,wavClusteR
进口我 AllelicImbalance,高山,AneuFinder,annmap,AnnotationHubData,APAlyzer,appreci8R,ArrayExpressHTS,ASpediaFI,ASpli,ATACseqQC,BadRegionFinder,bambu,BBCAnalyzer,biovizBase,biscuiteer,breakpointR,BRGenomics,BSgenome,篮球选手,卡斯珀,cellbaseR,CexoR,别致的,chimeraviz,ChIPComp,ChIPexoQual,ChIPpeakAnno,ChIPQC,chipseqDBData,ChIPSeqSpike,ChromSCape,chromstaR,chromVAR,cn.mops,CNVfilteR,CNVPanelizer,CNVrd2,compEpiTools,consensusDE,CopyNumberPlots,文案,CrispRVariants,csaw,CSSQ,customProDB,DAMEfinder,DegNorm,derfinder,DEXSeq,DiffBind,diffHic,easyRNASeq,EDASeq,ensembldb,epialleleR,epigenomix,epigraHMM,eudysbiome,exomePeak2,FilterFFPE,FunChIP,gcapc,GeneGeneInteR,GenoGAM,genomation,GenomicAlignments,GenomicInteractions,GenVisR,ggbio,gmoviz,哥特,GreyListChIP,GUIDEseq,Gviz,h5vc,HTSeqGenie,icetea,ima,检查,karyoploteR,ldblock,LungCancerLines,MACPET,MADSEQ,联合化疗,metagene,metagene2,metaseqR2,methylKit,MMAPPR2,MMAPPR2data,马赛克,motifmatchr,msgbsR,NADfinder,NanoMethViz,nearBynding,诊断,ORFik,panelcn.mops,图片,plyranges,婴儿车,profileplyr,PureCN,QDNAseq,qsea,QuasR,R453Plus1Toolbox,ramwas,收回,Repitools,RiboProfiling,riboSeqR,ribosomeProfilingQC,RNAmodR,RNAprobR,RNASeqR,Rqc,rtracklayer,颈背,segmentSeq,seqplots,seqsetvis,SimFFPE,sitadela,soGGi,SplicingGraphs,srnadiff,strandCheckR,systemPipeRdata,TCseq,TFutils,tracktables,trackViewer,transcriptR,tRNAscanImport,TSRchitect,TVTB,UMI4Cats,uncoverappLib,VariantFiltering,VariantTools,VaSP,VCFArray,VplotR
建议我 AnnotationHub,bamsignals,BaseSpaceR,BiocGenerics,BiocParallel,biomvRCNS,芝加哥,chipseqDB,epivizrChart,,GenomeInfoDb,GenomicDataCommons,GenomicFeatures,GenomicRanges,GeuvadisTranscriptExpr,gwascat,IRanges,NanoporeRNASeq,omicsPrint,parathyroidSE,RNAmodR.ML,SeqArray,seqbias,SigFuge,similaRpeak,拖缆
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包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 指示在R会话中使用这个包。

源包 Rsamtools_2.8.0.tar.gz
Windows二进制 Rsamtools_2.8.0.zip(32位和64位)
macOS 10.13(高山脉) Rsamtools_2.8.0.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/Rsamtools
源库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:包/ Rsamtools
包短Url //www.andersvercelli.com/packages/Rsamtools/
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