击杀

DOI:10.18129 / B9.bioc.SMITE

这个包是3.13版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅击杀。

Significance-based模块集成表观基因组和转录组

Bioconductor版本:3.13

这个包构建在Epimods框架,有助于发现加权子网(“模块”)Illumina公司英飞纳姆27 k数组使用SpinGlass算法,实现在iGraph包。我们已经创建了一个类基因中心与假定值相关联的注释和效应的大小和分数从任何研究人员之前统计结果发现功能模块。

作者:安德鲁·达蒙约翰斯顿尼尔·阿里Wijetunga约翰·默里Greally

维护人员:尼尔·阿里Wijetunga <尼尔。Wijetunga med.einstein.yu.edu >,安德鲁·达蒙约翰斯顿<安德鲁。约翰斯顿在med.einstein.yu.edu >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“击打”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes(“击打”)

PDF	R脚本	击打教程
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	报道,DifferentialExpression,DifferentialMethylation,GenomeAnnotation,ImmunoOncology,网络,NetworkEnrichment,RNASeq,测序,软件,SystemsBiology
版本	1.20.0
Bioconductor自	BioC 3.3 (r - 3.3)(5.5年)
许可证	GPL (> = 2)
取决于	R (> = 3.3),GenomicRanges
进口	尺度,plyr,Hmisc,AnnotationDbi,org.Hs.eg.db,ggplot2,reactome.db,KEGGREST,生命网络,goseq、方法、IRanges,igraph,Biobase、工具、S4Vectors,geneLenDataBase、grDevices图形、属性、跑龙套
链接
建议	knitr
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/GreallyLab/SMITE
BugReports	https://github.com/GreallyLab/SMITE/issues
取决于我
进口我
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构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 指示在R会话中使用这个包。

源包	SMITE_1.20.0.tar.gz
Windows二进制	SMITE_1.20.0.zip
macOS 10.13(高山脉)	SMITE_1.20.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/SMITE
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/击打
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/SMITE/
包下载报告	下载数据