SingleCellExperiment

DOI:10.18129 / B9.bioc.SingleCellExperiment

这个包是3.13版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅SingleCellExperiment。

S4单细胞数据类

Bioconductor版本:3.13

定义了一个从单细胞实验S4类来存储数据。这包括专门的方法来存储和检索信息激增,降维的坐标和尺寸因素对于每个单元格,还是和往常一样基因和库的元数据。

作者:亚伦Lun (aut (cph),大卫。Risso (cre, aut cph],基冈Korthauer[所有],凯文Rue-Albrecht(施)

维护人员:大卫Risso < Risso。大卫。gmail.com >

从内部引用(R,回车引用(“SingleCellExperiment”)):

安装

安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“SingleCellExperiment”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“SingleCellExperiment”)

HTML	R脚本	1。介绍SingleCellExperiment类
HTML	R脚本	2。应用在SingleCellExperiment对象
HTML	R脚本	3所示。在SingleCellExperiment类发展
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	DataImport,DataRepresentation,ImmunoOncology,基础设施,SingleCell,软件
版本	1.14.1
Bioconductor自	BioC 3.6 (r - 3.4)(4年)
许可证	GPL-3
取决于	SummarizedExperiment
进口	方法,跑龙套,统计数据,S4Vectors,BiocGenerics,GenomicRanges,DelayedArray
链接
建议	testthat,BiocStyle,knitr,rmarkdown,矩阵,scRNAseq,Rtsne
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我	基础知识,后面;,BayesSpace,催化剂,CellBench,CelliD,CellTrails,印度豹,clusterExperiment,cydar,cytomapper,DropletUtils,ExperimentSubset,HCAData,imcdatasets,iSEE,LoomExperiment,桅杆,米娅,MouseGastrulationData,MouseThymusAgeing,mumosa,muscData,POWSC,scAlign,嘘,scClassifR,scDataviz,scGPS,schex,scPipe,食物,scRNAseq,天窗,singleCellTK,SpatialExperiment,飞溅,switchde,TENxBrainData,TENxPBMCData,tidySingleCellExperiment,TMExplorer,TrajectoryUtils,TreeSummarizedExperiment,三轮车,TSCAN,zinbwave
进口我	ADImpute,aggregateBioVar,airpart,bayNorm,BEARscc,ccfindR,celda,CellMixS,ChromSCape,CiteFuse,clustifyr,CoGAPS,conclus,调味品,科拉尔,命运,截然不同的,dittoSeq,逃避,fcoex,盛宴,GSVA,HCAMatrixBrowser,河马,ILoReg,infercnv,IRISFGM,iSEEu,LineagePulse,mbkmeans,MetaNeighbor,miloR,miQC,马斯喀特,Nebulosa,netSmooth,NewWave,peco,phemd,pipeComp,SC3,SCArray,scBFA,scCB2,scDblFinder,scDD,scds,散粒,scmap,scMerge,SCnorm,司康饼,scp,scpdata,颈背,用水晶球占卜,scTensor,scTGIF,SingleCellMultiModal,激流回旋,弹弓,猎犬,spatialLIBD,SPsimSeq,tradeSeq,treekoR,伶盗龙,waddR,zellkonverter
建议我	CellaRepertorium,DEsingle,多萝西娅,DuoClustering2018,EWCE,FCBF,鱼池,HDF5Array,InteractiveComplexHeatmap,M3Drop,mistyR,MOFA2,ontoProc,phenopath,后代,PubScore,QFeatures,scFeatureFilter,scPCA,scRecover,simpleSingleCell,单,TabulaMurisData
我的链接
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测指示在R会话中使用这个包。

源包	SingleCellExperiment_1.14.1.tar.gz
Windows二进制	SingleCellExperiment_1.14.1.zip(32位和64位)
macOS 10.13(高山脉)	SingleCellExperiment_1.14.1.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/SingleCellExperiment
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ SingleCellExperiment
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/SingleCellExperiment/
包下载报告	下载数据