SingleMoleculeFootprinting

DOI:10.18129 / B9.bioc.SingleMoleculeFootprinting

这个包是3.13版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅SingleMoleculeFootprinting。

分析单分子的碳足迹(SMF)数据的工具

Bioconductor版本:3.13

SingleMoleculeFootprinting R包提供函数来分析单分子的碳足迹(SMF)数据。工作流以其装饰图案后,用户可以执行基本的数据分析SMF数据以最小的编码工作。从一个对齐的bam文件,我们将展示如何执行质量控制序列库提取甲基化信息在单分子水平占两个可能的SMF实验(单或双酶酶),基于模式分类单分子的分子入住率,情节SMF信息在一个给定的基因的位置

作者:Guido Barzaghi (aut (cre)阿尔诺·克雷布斯(aut),迈克·史密斯(施)

维护人员:Guido Barzaghi <圭多。在embl.de barzaghi >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“SingleMoleculeFootprinting”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

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browseVignettes (“SingleMoleculeFootprinting”)

HTML	R脚本	SingleMoleculeFootprinting
PDF		参考手册

细节

biocViews	报道,DNAMethylation,DataRepresentation,表观遗传学,MethylSeq,NucleosomePositioning,质量控制,软件
版本	1.0.0
Bioconductor自	BioC 3.13 (r - 4.1)(< 6个月)
许可证	GPL-3
取决于	R (> = 4.1.0)
进口	BiocGenerics,Biostrings,BSgenome,GenomeInfoDb,GenomicRanges,data.tablegrDevices,plyr,IRanges,RColorBrewer统计数据,QuasR
链接
建议	BSgenome.Mmusculus.UCSC.mm10,devtools,ExperimentHub,knitr平行,rmarkdown,readr,SingleMoleculeFootprintingData,testthat(> = 3.0.0)
SystemRequirements
增强了
URL
BugReports	https://github.com/Krebslabrep/SingleMoleculeFootprinting/issues
取决于我
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包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 指示在R会话中使用这个包。

源包	SingleMoleculeFootprinting_1.0.0.tar.gz
Windows二进制	SingleMoleculeFootprinting_1.0.0.zip(32位和64位)
macOS 10.13(高山脉)	SingleMoleculeFootprinting_1.0.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/SingleMoleculeFootprinting
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ SingleMoleculeFootprinting
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/SingleMoleculeFootprinting/
包下载报告	下载数据