这个包是3.13版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅chromswitch。
Bioconductor版本:3.13
Chromswitch实现了一个灵活的方法来检测样品之间的染色质状态开关在两个生物条件在一个特定基因组区域感兴趣的山峰或染色质状态从ChIP-seq数据调用。
作者:《杰莎(aut (cre),克劳迪娅·l·Kleinman (aut)
维护人员:《杰莎< selinjessa gmail.com >
从内部引用(R,回车引用(“chromswitch”)
):
安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:
如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“chromswitch”)
R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。
查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:
browseVignettes (“chromswitch”)
HTML | R脚本 | 介绍“chromswitch”检测染色质状态开关 |
参考手册 | ||
文本 | 新闻 | |
文本 | 许可证 |
biocViews | 聚类,DifferentialPeakCalling,表观遗传学,FunctionalGenomics,GeneExpression,HistoneModification,ImmunoOncology,MultipleComparison,软件,转录 |
版本 | 1.14.0 |
Bioconductor自 | BioC 3.6 (r - 3.4)(4年) |
许可证 | 麻省理工学院+文件许可证 |
取决于 | R (> = 3.5.0),GenomicRanges(> = 1.26.4) |
进口 | 集群(> = 2.0.6),Biobase(> = 2.36.2),BiocParallel(> = 1.8.2),dplyr(> = 0.5.0),gplots(> = 3.0.1)、图形、grDevicesIRanges(> = 2.4.8),lazyeval(> = 0.2.0),matrixStats(> = 0.52),magrittr(> = 1.5)、方法NMF(> = 0.20.6),rtracklayer(> = 1.36.4),S4Vectors(> = 0.23.19),统计数据,tidyr(> = 0.6.3) |
链接 | |
建议 | BiocStyle,DescTools(> = 0.99.19),devtools(> = 1.13.3),GenomeInfoDb(> = 1.16.0),knitr,rmarkdown,mclust(> = 5.3),testthat |
SystemRequirements | |
增强了 | |
URL | https://github.com/sjessa/chromswitch |
BugReports | https://github.com/sjessa/chromswitch/issues |
取决于我 | |
进口我 | |
建议我 | |
我的链接 | |
构建报告 |
遵循2021年欧洲杯比分预测 指示在R会话中使用这个包。
源包 | chromswitch_1.14.0.tar.gz |
Windows二进制 | chromswitch_1.14.0.zip(32位和64位) |
macOS 10.13(高山脉) | chromswitch_1.14.0.tgz |
源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/chromswitch |
源库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:包/ chromswitch |
包短Url | //www.andersvercelli.com/packages/chromswitch/ |
包下载报告 | 下载数据 |
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