dasper

DOI:10.18129 / B9.bioc.dasper

这个包是3.13版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅dasper。

检测从RNA-sequencing abberant剪接事件数据

Bioconductor版本:3.13

dasper的目的是检测从RNA-seq异常剪接事件数据。dasper将使用作为输入结和覆盖率数据RNA-seq计算每个拼接的偏差事件的病人从一组用户定义的控制。dasper使用的无监督异常检测算法的分数每个剪接事件患者的局外人分数代表剪接事件看起来异常的程度。

作者:大卫·张(aut (cre)列奥纳多·达·芬奇Collado-Torres(施)

维修工:David Zhang < david.zhang。12在ucl.ac.uk >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“dasper”)

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文档

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HTML	R脚本	介绍dasper
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细节

biocViews	AlternativeSplicing,报道,RNASeq,测序,软件,转录组
版本	1.2.0
Bioconductor自	BioC 3.12 (r - 4.0)(1年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (> = 4.0)
进口	蛇怪,BiocFileCache,BiocParallel,data.table,dplyr,GenomeInfoDb,GenomicFeatures,GenomicRanges,IRanges,magrittr,megadepth、方法、plyranges,readr,网状,S4Vectors,stringr,SummarizedExperiment,tidyr
链接
建议	BiocStyle,covr,testthat,GenomicState,ggplot2,ggpubr,ggrepel、网格knitcitations,knitr,重新计票,rmarkdown,sessioninfo,rtracklayer,宠物猫
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/dzhang32/dasper
BugReports	https://support.bioconductor.org/t/dasper
取决于我
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包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 指示在R会话中使用这个包。

源包	dasper_1.2.0.tar.gz
Windows二进制	dasper_1.2.0.zip
macOS 10.13(高山脉)	dasper_1.2.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/dasper
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ dasper
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/dasper/
包下载报告	下载数据