multicrispr

DOI:10.18129 / B9.bioc.multicrispr

这个包是3.13版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅multicrispr。

多位点多用Crispr / ca设计

Bioconductor版本:3.13

这个包是设计Crispr / Cas9和'编辑实验。它包含的功能(1)基因组目标定义和变换,(2)找到逆电流器(4)计数offtarget (mis)比赛,和(5)计算Doench2016/2014定位效率。护理被multicrispr很好地扩展到大型目标集,使大型Crispr / Cas9库的设计。

作者:Aditya Bhagwat (aut (cre),约翰Graumann悲伤,施莱,Mette本特森[所有],Jens Preussner(施),迈克尔·劳伦斯(施)Herve页面[所有],马里奥Looso(悲伤,仅仅)

维护人员:Aditya Bhagwat < Aditya。在mpi-bn.mpg.de bhagwat >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“multicrispr”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“multicrispr”)

HTML	R脚本	genome_arithmetics
HTML	R脚本	grna_design
HTML	R脚本	prime_editing
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	CRISPR,软件
版本	1.2.0
Bioconductor自	BioC 3.12 (r - 4.0)(1年)
许可证	GPL-2
取决于	R (> = 4.0)
进口	自信的,BiocGenerics,Biostrings,BSgenome,CRISPRseek,data.table,GenomeInfoDb,GenomicFeatures,GenomicRanges,ggplot2、网格karyoploteR,magrittr、方法、并行plyranges,Rbowtie,网状,rtracklayer统计数据,stringi,tidyr,tidyselect,跑龙套
链接
建议	AnnotationHub,BiocStyle,BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg38,BSgenome.Mmusculus.UCSC.mm10,BSgenome.Scerevisiae.UCSC.sacCer1,ensembldb,IRanges,knitr,魔法,rmarkdown,testthat,TxDb.Mmusculus.UCSC.mm10.knownGene
SystemRequirements
增强了
URL	https://loosolab.pages.gwdg.de/software/multicrispr/
BugReports	https://gitlab.gwdg.de/loosolab/software/multicrispr/-/issues
取决于我
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包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 指示在R会话中使用这个包。

源包	multicrispr_1.2.0.tar.gz
Windows二进制	multicrispr_1.2.0.zip(32位和64位)
macOS 10.13(高山脉)	multicrispr_1.2.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/multicrispr
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ multicrispr
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/multicrispr/
包下载报告	下载数据