这个包是3.13版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅vsn。
Bioconductor版本:3.13
包实现了正常化芯片强度的方法,适用于单和多种颜色数组。它也可以用于其他技术数据,只要他们有类似的格式。最大似然估计量的方法使用一个健壮的变体additive-multiplicative误差模型和仿射校正。模型包含数据校准步骤(又名归一化),一个模型的依赖强度均值和方差方差稳定数据转换。差异转化强度类似于“log-ratios正常化”。然而,与后者相比,他们的方差是独立的意思是,他们通常更敏感和具体检测微分转录。
作者:沃尔夫冈•休伯从安雅•冯•Heydebreck与贡献。许多用户的评论和建议都承认,其中丹尼斯Kostka,大卫•Kreil汉斯克莱因,罗伯特先生,Deepayan Sarkar和戈登·史密斯
维修工:沃尔夫冈·胡贝尔<沃尔夫冈。胡贝尔在embl.de >
从内部引用(R,回车引用(“vsn”)
):
安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:
如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“vsn”)
R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。
查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:
browseVignettes (“vsn”)
HTML | R脚本 | 介绍vsn (HTML版本) |
R脚本 | 可能性计算vsn | |
与模拟数据验证和评估性能 | ||
参考手册 | ||
文本 | 新闻 |
biocViews | 微阵列,OneChannel,预处理,软件,TwoChannel |
版本 | 3.60.0 |
Bioconductor自 | BioC 1.6 (r - 2.1)或更早(> 16.5年) |
许可证 | 艺术- 2.0 |
取决于 | R (> = 3.4.0),Biobase |
进口 | 方法,affy,limma,晶格,ggplot2 |
链接 | |
建议 | affydata,hgu95av2cdf,BiocStyle,knitr,dplyr,testthat |
SystemRequirements | |
增强了 | |
URL | http://www.r-project.orghttp://www.ebi.ac.uk/huber |
取决于我 | affyPara,cellHTS2,rnaseqGene,webbioc |
进口我 | arrayQualityMetrics,bnem,coexnet,DAPAR,部,Doscheda,ExpressionNormalizationWorkflow,imageHTS,MatrixQCvis,metaseqR2,MSnbase,NormalyzerDE,pvca,林格,tilingArray |
建议我 | adSplit,beadarray,BiocCaseStudies,DESeq2,雌激素,flowVS,ggbio,GlobalAncova,globaltest,limma,光民,MsCoreUtils,PAA,QFeatures,scp,《暮光之城》 |
我的链接 | |
构建报告 |
遵循2021年欧洲杯比分预测 指示在R会话中使用这个包。
源包 | vsn_3.60.0.tar.gz |
Windows二进制 | vsn_3.60.0.zip |
macOS 10.13(高山脉) | vsn_3.60.0.tgz |
源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/vsn |
源库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:包/ vsn |
包短Url | //www.andersvercelli.com/packages/vsn/ |
包下载报告 | 下载数据 |
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