刨边机
DOI:
10.18129 / B9.bioc.edgeR
这个包是3.13版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅刨边机。
数字在R基因表达数据的实证分析
Bioconductor版本:3.13
微分表达式RNA-seq表达谱分析生物复制。实现了一系列基于负二项分布统计方法,包括经验贝叶斯估计,准确的测试,广义线性模型和quasi-likelihood测试。以及RNA-seq,它适用于其他类型的微分信号分析基因组数据产生读计数,包括ChIP-seq ATAC-seq Bisulfite-seq、鼠尾草和笼子。
作者:陈Yunshun,亚伦TL Lun,戴维斯J麦卡锡,马修·E·里奇贝琳达Phipson,易纺,小贝周,马克·D·罗宾逊戈登·史密斯
维护人员:Yunshun陈wehi.edu.au > <尝试,戈登史密斯在wehi.edu.au > <史密斯,亚伦Lun < infinite.monkeys.with。键盘在gmail.com >, <马克马克。罗宾逊。罗宾逊在imls.uzh.ch >
安装
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如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“刨边机”)
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细节
| biocViews |
AlternativeSplicing,BatchEffect,贝叶斯,BiomedicalInformatics,CellBiology,ChIPSeq,聚类,报道,DNAMethylation,DifferentialExpression,DifferentialMethylation,DifferentialSplicing,表观遗传学,FunctionalGenomics,GeneExpression,GeneSetEnrichment,遗传学,ImmunoOncology,MultipleComparison,归一化,通路,质量控制,RNASeq,回归,圣人,测序,软件,SystemsBiology,TimeCourse,转录,转录组 |
| 版本 |
3.34.1 |
| Bioconductor自 |
BioC 2.3 (r - 2.8)(13岁) |
| 许可证 |
GPL (> = 2) |
| 取决于 |
R (> = 3.6.0),limma(> = 3.41.5) |
| 进口 |
方法、图形数据,跑龙套,locfit,Rcpp |
| 链接 |
Rcpp |
| 建议 |
jsonlite,readr,rhdf5样条函数,Biobase,AnnotationDbi,SummarizedExperiment,org.Hs.eg.db |
| SystemRequirements |
c++ 11 |
| 增强了 |
|
| URL |
http://bioinf.wehi.edu.au/edgeR//www.andersvercelli.com/packages/edgeR |
| 取决于我 |
ASpli,DBChIP,埃达,EGSEA123,感兴趣,methylMnM,miloR,ReactomeGSA.data,RNAseq123,rnaseqDTU,RnaSeqGeneEdgeRQL,RNASeqR,RnaSeqSampleSizeData,RUVSeq,samExploreR,移行细胞癌,tRanslatome |
| 进口我 |
affycoretools,anota2seq,ArrayExpressHTS,ATACseqQC,自治,AWFisher,baySeq,BioQC,censcyt,ChromSCape,circRNAprofiler,clusterExperiment,CNVRanger,compcodeR,consensusDE,coseq,countsimQC,crossmeta,csaw,DaMiRseq,dce,debrowser,DEComplexDisease,反编排,DEGreport,DEsubs,diffcyt,diffHic,diffloop,diffUTR,DMRcate,定量给料器,DRIMSeq,DropletUtils,easyRNASeq,埃达,eegc,EGSEA,eisaR,emtdata,EnrichmentBrowser,erccdashboard,ERSSA,ExpHunterSuite,GDCRNATools,Glimma,GSEABenchmarkeR,HTSFilter,icetea,infercnv,IsoformSwitchAnalyzeR,KnowSeq,Maaslin2,MEDIPS,metaseqR2,MIGSA,MLSeq,moanin,msgbsR,msmsTests,multiHiCcompare,马斯喀特,NBSplice,PathoStat,PhIPData,ppcseq,适当的,psichomics,RCM,recountWorkflow,regsplice,Repitools,ReportingTools,rnaSeqMap,RnaSeqSampleSize,ROSeq,scCB2,scde,司康饼,食物,SEtools,SIMD,SingleCellSignalR,singscore,SingscoreAMLMutations,spatialHeatmap,飞溅,SPsimSeq,srnadiff,STATegRa,股东价值分析,systemPipeR,TBSignatureProfiler,TCseq,TimeSeriesExperiment,tradeSeq,tweeDEseq,vidger,纱,zinbwave |
| 建议我 |
ABSSeq,bigPint,biobroom,CAGEWorkflow,chipseqDB,ClassifyR,clonotypeR,cqn,cydar,dcanr,dearseq,DEScan2,dittoSeq,easyreporting,EDASeq,计,gCrisprTools,GenomicAlignments,GenomicRanges,glmGamPoi,goseq,groHMM,GSAR,GSVA,理想的,iSEEu,JctSeqData,leeBamViews,missMethyl,multiMiR,重新计票,regionReport,ribosomeProfilingQC,土星,SeqGate,SSPA,经验丰富的人,subSeq,SummarizedBenchmark,TCGAbiolinks,tidybulk,ToPASeq,topconfects,tximeta,tximport,variancePartition,weitrix,扳手,zFPKM |
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