ADImpute

DOI:10.18129 / B9.bioc.ADImpute

这个包是3.14版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅ADImpute。

自适应辍学输入(ADImpute)

Bioconductor版本:3.14

单细胞RNA序列(scRNA-seq)方法通常无法量化细胞中所有基因的表达水平,创建一个缺失值的计算预测的必要性(“辍学归罪”)。大多数现有的辍学生归责方法是有限的,他们只使用手头的scRNA-seq数据集和不利用外部基因基因信息的关系。这里我们提出两种新方法:基因调控网络的方法使用基因基因关系从外部数据和基线的方法对应于一个sample-wide平均水平。ADImpute可以实现这些新方法并把它们与现有归责方法(目前支持:DrImpute,储蓄者)。ADImpute可以表现最好的学习方法每个基因和不同方法的结果合并成一个整体。

作者:安娜卡Leote (cre, aut)

维护人员:安娜卡Leote < anacarolinaleote gmail.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“ADImpute”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“ADImpute”)

HTML	R脚本	ADImpute教程
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	GeneExpression,网络,预处理,测序,SingleCell,软件,转录组
版本	1.4.0
Bioconductor自	BioC 3.12 (r - 4.0)(1.5年)
许可证	GPL-3 +文件许可证
取决于	R (> = 4.0)
进口	使彻底失败,BiocParallel,data.table,DrImpute,kernlab,质量,矩阵、方法、rsvd,S4Vectors,储蓄者,SingleCellExperiment统计数据,SummarizedExperiment,跑龙套
链接
建议	BiocStyle,knitr,rmarkdown,testthat
SystemRequirements
增强了
URL
BugReports	https://github.com/anacarolinaleote/ADImpute/issues
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 指示在R会话中使用这个包。

源包	ADImpute_1.4.0.tar.gz
Windows二进制	ADImpute_1.4.0.zip
macOS 10.13(高山脉)	ADImpute_1.4.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/ADImpute
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ ADImpute
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/ADImpute/
包下载报告	下载数据