阿尔卑斯山脉

DOI:10.18129 / B9.bioc.ALPS

这个包是弃用。它可能会从Bioconductor删除。请参考包临终的指导方针为更多的信息。

这个包是Bioconductor的3.14版本。这个包已经从Bioconductor删除。最后稳定,最新的发布版本,请参阅阿尔卑斯山脉。

分析表观基因组学数据的例程

Bioconductor版本:3.14

包提供了分析和出版质量可视化组蛋白的化学修饰等全基因组表观基因组学数据的例程或转录因子ChIP-seq ATAC-seq DNase-seq等功能在包可以用于任何类型的数据,可以用要员表示文件在任何决议。阿尔卑斯山的目标是提供分析工具对于大多数下游分析不离开R环境和大多数工具在包需要一个最小的输入,可以用基本的R, unix或excel的技能。

作者:举止文雅Thatikonda,娜塔莉贼鸥

维护人员:举止文雅Thatikonda < thatikonda92 gmail.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“阿尔卑斯山”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

PDF		参考手册

细节

biocViews	ATACSeq,ChIPSeq,表观遗传学,HistoneModification,测序,软件,转录,可视化
版本	1.8.0
Bioconductor自	BioC 3.10 (r - 3.6)(2.5年)
许可证	麻省理工学院+文件许可
取决于	R (> = 3.6)
进口	为了,BiocParallel,ChIPseeker,corrplot,data.table,dplyr,GenomicRanges,GGally,genefilter,gghalves,ggplot2,ggseqlogo,Gviz,magrittr,org.Hs.eg.db,plyr,reshape2,rtracklayer统计数据,stringr,宠物猫,tidyr,TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene,TxDb.Hsapiens.UCSC.hg38.knownGene,跑龙套
链接
建议	knitr,rmarkdown,ComplexHeatmap,circlize,testthat
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/itsvenu/ALPS
BugReports	https://github.com/itsvenu/ALPS/issues
取决于我
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构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 指示在R会话中使用这个包。

源包
Windows二进制
macOS 10.13(高山脉)
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/ALPS
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/阿尔卑斯山
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/ALPS/
包下载报告	下载数据