BioNERO

DOI:10.18129 / B9.bioc.BioNERO

此包适用于Bioconductor 3.14版;有关稳定的最新发布版本，请参见BioNERO．

生物网络重建综合

Bioconductor版本:3.14

BioNERO旨在将生物网络推理的所有方面集成到一个软件包中，包括数据预处理、探索性分析、网络推理和生物学解释分析。BioNERO可用于从基因表达数据推断基因共表达网络(GCNs)和基因调控网络(GRNs)。此外，它可以用来探索蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络的拓扑性质。GCN推理依赖于流行的WGCNA算法。GRN推断是基于“人群的智慧”原理，它包括用多种算法(这里是CLR, GENIE3和ARACNE)推断GRN，并计算每个交互对的平均排名。由于网络分析的所有步骤都包含在这个包中，BioNERO使用户不必学习多个包的语法以及如何在它们之间进行通信。最后，用户还可以跨独立表达集识别共识模块，并计算不同网络之间的物种内和物种间模块保存统计数据。

作者:fabicio Almeida-Silva [cre, aut]，蒂亚戈·维纳西奥[au]

维护者:fabicio Almeida-Silva < fabricicio_almeidasilva at hotmail.com>

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.1”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“BioNERO”)

超文本标记语言	R脚本	基因共表达网络推理
超文本标记语言	R脚本	基因调控网络推理与BioNERO
超文本标记语言	R脚本	网络比较:共识模块和模块保存
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	GeneExpression，GeneRegulation，GraphAndNetwork，网络，预处理，软件，SystemsBiology
版本	1.2.0
在Bioconductor	BioC 3.13 (R-4.1)(1年)
许可证	GPL-3
取决于	R (>= 4.1)
进口	WGCNA，dynamicTreeCut，matrixStats，DESeq2，股东价值分析，RColorBrewer，ComplexHeatmap，ggplot2，reshape2，igraph，ggnetwork，鹰图，networkD3，ggnewscale，ggpubr，NetRep，统计，grDevices，图形，utils，方法，BiocParallel，minet，GENIE3，SummarizedExperiment
链接
建议	knitr，rmarkdown，testthat(> = 3.0.0),BiocStyle，covr
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/almeidasilvaf/BioNERO
BugReports	https://github.com/almeidasilvaf/BioNERO/issues
全靠我
进口我	cageminer
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此包的说明。

源包	BioNERO_1.2.0.tar.gz
Windows二进制	BioNERO_1.2.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	BioNERO_1.2.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/BioNERO
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/BioNERO
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/BioNERO/
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