BioPlex

DOI:10.18129 / B9.bioc.BioPlex

这个包是版本3.14的Bioconductor;有关稳定的最新发布版本，请参见BioPlex。

r侧访问BioPlex蛋白-蛋白相互作用数据

Bioconductor版本:3.14

除了HEK293和HCT116细胞的蛋白-蛋白相互作用网络外，还可以访问CORUM蛋白复合物数据，以及这两种细胞系的转录组和蛋白质组数据。功能侧重于导入各种数据资源并将其存储在专用的Bioconductor数据结构中，作为数据综合下游分析的基础。

作者:Ludwig Geistlinger [aut, cre]， Robert Gentleman [aut]

维护者:Ludwig Geistlinger

安装

要安装这个包，启动R(版本"4.1")并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("BioPlex")

对于旧版本的R，请参考相应的Bioconductor释放。

文档

要查看系统中安装的此软件包版本的文档，启动R并输入:

browseVignettes(“BioPlex”)

超文本标记语言	R脚本	1.数据检索
超文本标记语言	R脚本	2.数据检查
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	DataImport，DataRepresentation，GeneExpression，GraphAndNetwork，MassSpectrometry，网络，蛋白质组学，软件，转录组
版本	1.0.2中
在Bioconductor中	BioC 3.14 (R-4.1)(< 6个月)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (>= 4.1.0)，SummarizedExperiment
进口	BiocFileCache，GEOquery，图、方法、utils
链接
建议	AnnotationDbi，AnnotationHub，BiocStyle，ExperimentHub，depmap，knitr，rmarkdown
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/ccb-hms/BioPlex
BugReports	https://github.com/ccb-hms/BioPlex/issues
这取决于我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在您的R会话中使用此包的说明。

源包	BioPlex_1.0.2.tar.gz
Windows二进制	BioPlex_1.0.2.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	BioPlex_1.0.2.tgz
源库	git clone https://git.bioconductor.org/packages/BioPlex
源存储库(开发人员访问)	git clone git@git.bioconductor.org:packages/BioPlex
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/BioPlex/
软件包下载报告	下载数据