CNAnorm

DOI:10.18129 / B9.bioc.CNAnorm

这个包是3.14版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅CNAnorm。

拷贝数差的归一化法癌症样本

Bioconductor版本:3.14

执行比例,GC含量校正和标准化的数据获得使用低覆盖率(一个阅读每100 - 10000 bp)高troughput测序。它执行一个“离散”正常化寻找基因组的倍性。它还将提供肿瘤内容如果可以找到至少两倍性状态。

作者:斯特凡诺拜里< sberri illumina.com >、亨利·m·伍德<莫莱森在leeds.ac木材。英国> Arief Gusnanto <。在leeds.ac.uk gusnanto >

维护人员:斯特凡诺拜里< sberri illumina.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“CNAnorm”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“CNAnorm”)

PDF	R脚本	CNAnorm.pdf
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	CopyNumberVariation,报道,DNASeq,GenomicVariation,归一化,测序,软件,WholeGenome
版本	1.40.0
Bioconductor自	BioC 2.9 (r - 2.14)(10.5年)
许可证	GPL-2
取决于	R(> = 2.10.1)方法
进口	DNAcopy
链接
建议
SystemRequirements
增强了
URL	http://www.r-project.org
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 指示在R会话中使用这个包。

源包	CNAnorm_1.40.0.tar.gz
Windows二进制	CNAnorm_1.40.0.zip(32位和64位)
macOS 10.13(高山脉)	CNAnorm_1.40.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/CNAnorm
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ CNAnorm
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/CNAnorm/
包下载报告	下载数据