CNVfilteR

DOI:10.18129 / B9.bioc.CNVfilteR

这个包是3.14版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅CNVfilteR。

识别假阳性的CNV调用工具通过使用SNV调用

Bioconductor版本:3.14

CNVfilteR识别那些可以通过使用废弃的基因拷贝数异变单核苷酸变异(SNV)调用,通常获得共同的门店管道。

作者:何塞·马科斯Moreno-Cabrera (aut (cre),Bernat凝胶(aut)

维修工:何塞•马科斯Moreno-Cabrera < jpuntomarcos gmail.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“CNVfilteR”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“CNVfilteR”)

HTML	R脚本	CNVfilteR装饰图案
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	CopyNumberVariation,DNASeq,DataImport,测序,软件,可视化
版本	1.8.0
Bioconductor自	BioC 3.10 (r - 3.6)(2.5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (> = 4.1)
进口	IRanges,GenomicRanges,SummarizedExperiment,pracma,地区,为了,karyoploteR,CopyNumberPlots,图形,跑龙套,VariantAnnotation,Rsamtools,GenomeInfoDb,Biostrings、方法
链接
建议	knitr,BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19,BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19.masked,rmarkdown
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/jpuntomarcos/CNVfilteR
BugReports	https://github.com/jpuntomarcos/CNVfilteR/issues
取决于我
进口我
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构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 指示在R会话中使用这个包。

源包	CNVfilteR_1.8.0.tar.gz
Windows二进制	CNVfilteR_1.8.0.zip
macOS 10.13(高山脉)	CNVfilteR_1.8.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/CNVfilteR
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ CNVfilteR
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/CNVfilteR/
包下载报告	下载数据