CellBarcode

DOI:10.18129 / B9.bioc.CellBarcode

此包适用于Bioconductor 3.14版;有关稳定的最新发布版本，请参见CellBarcode．

细胞DNA条形码分析工具包

Bioconductor版本:3.14

这个包执行细胞DNA条形码(遗传谱系追踪)分析。包可以处理所有类型的DNA条形码,只要条码在单个测序读和有一个模式,可以通过正则表达式匹配。这个包可以处理条形码与灵活的长度,有或没有UMI(独特的分子标识符)。该工具还可用于预处理的扩增子数据,如CRISPR gRNA筛查、免疫曲目和元基因组测序数据。

作者:中国太阳(cre),安妮玛丽•莱恩(aut),莱拉Perie (aut)

维护人员:Wenjie太阳< sunwjie gmail.com >

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.1”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages(“BiocManager”)BiocManager::安装(“CellBarcode”)

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“CellBarcode”)

超文本标记语言	R脚本	UMI_Barcode
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	CRISPR，预处理，质量控制，测序，软件
版本	1.0.0
在Bioconductor	BioC 3.14 (r - 4.1)(< 6个月)
许可证	MIT +文件许可证
取决于	R (>= 4.1.0)
进口	方法、统计数据Rcpp(> = 1.0.5),data.table(> = 1.12.6),plyr，ggplot2，stringr，magrittr，ShortRead(> = 1.48.0),Biostrings(> = 2.58.0),蛋，Ckmeans.1d.dp跑龙套,S4Vectors
链接	Rcpp
建议	BiocStyle，testthat(> = 3.0.0),knitr，rmarkdown
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此包的说明。

源包	CellBarcode_1.0.0.tar.gz
Windows二进制	CellBarcode_1.0.0.zip(32位和64位)
macOS 10.13(高山脉)	CellBarcode_1.0.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/CellBarcode
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ CellBarcode
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/CellBarcode/
软件包下载报告	下载数据