ChIPseeker

DOI:10.18129 / B9.bioc.ChIPseeker

此包适用于Bioconductor 3.14版;有关稳定的最新发布版本，请参见ChIPseeker．

用于芯片峰值注释、比较和可视化的ChIPseeker

Bioconductor版本:3.14

该软件包实现了检索峰值附近最近的基因，标注峰值基因组区域，统计方法估计ChIP峰值数据集之间重叠的显著性，并集成GEO数据库供用户将自己的数据集与数据库中保存的数据集进行比较。这种比较可以用来推断合作调节，从而可以用来产生假设。实现了一些可视化功能，以总结峰实验的覆盖范围、与TSS区域结合的峰的平均剖面和热图、基因组注释、与TSS的距离以及峰或基因的重叠。

作者:于广创[aut, cre]、李明[ctb]、严云[ctb]、Hervé Pagès [ctb]、Michael Kluge [ctb]、Thomas Schwarzl [ctb]、徐周庚[ctb]

维护人员:guangchuangyu

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.1”)并输入:

如果(!install.packages("BiocManager") BiocManager::install("ChIPseeker")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“ChIPseeker”)

超文本标记语言	R脚本	ChIPseeker:一个用于芯片峰值注释、比较和可视化的R包
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文本		新闻

细节

biocViews	注释，ChIPSeq，MultipleComparison，软件，可视化
版本	1.30.3
在Bioconductor	BioC 2.14 (R-3.1)(8年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (>= 3.5.0)
进口	AnnotationDbi，BiocGenerics，引导，enrichplot，IRanges，GenomeInfoDb，GenomicRanges，GenomicFeatures，ggplot2，gplots，图形，grDevices，gtools、方法、plotrix，dplyr平行,magrittr，RColorBrewer，rtracklayer，S4Vectors统计数据,TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene,跑龙套
链接
建议	clusterProfiler，ggimage，ggplotify，ggupset，ReactomePA，org.Hs.eg.db，knitr，rmarkdown，testthat，宠物猫
SystemRequirements
增强了
URL	https://guangchuangyu.github.io/software/ChIPseeker
BugReports	https://github.com/YuLab-SMU/ChIPseeker/issues
全靠我
进口我	阿尔卑斯山脉，esATAC，profileplyr，裂殖体，TCGAWorkflow
建议我	curatedAdipoChIP
链接到我
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此包的说明。

源包	ChIPseeker_1.30.3.tar.gz
Windows二进制	ChIPseeker_1.30.3.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	ChIPseeker_1.30.3.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/ChIPseeker
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/ChIPseeker
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/ChIPseeker/
软件包下载报告	下载数据