GeneAccord

DOI:10.18129 / B9.bioc.GeneAccord

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无性繁殖系地排斥基因的检测或通路对一群癌症患者

Bioconductor版本:3.14

统计框架检查组合共存的克隆肿瘤。更确切地说,该算法发现双基因突变在相同的肿瘤,但在不同的克隆,即他们subclonal突变概要文件是互斥的。我们称此为无性繁殖系地排斥。这意味着肿瘤的突变发生在不同的分支系统学,表明平行进化的克隆。我们统计框架评估是否克隆排他模式比预期更经常发生偶然在一群病人。所需的输入数据的变异gene-to-clone任务从队列的癌症患者,运行得到的种系发生树推理方法。重建一个肿瘤的进化历史和检测克隆是具有挑战性的。为不确定性算法,重复树推理运行可能导致不同mutation-to-clone作业。因此,我们的算法是为了允许输入多个gene-to-clone作业每个病人。他们可能已经被反复执行生成树推理,或通过抽样从树的后验分布。 The tree inference methods designate the mutations to individual clones. The mutations can then be mapped to genes or pathways. Hence our statistical framework can be applied on the gene level, or on the pathway level to detect clonally exclusive pairs of pathways. If a pair is significantly clonally exclusive, it points towards the fact that this specific clone configuration confers a selective advantage, possibly through synergies between the clones with these mutations.

作者:阿丽亚娜l·摩尔,杰克Kuipers和妮可Beerenwinkel

维护人员:<阿丽亚娜阿丽亚娜l·摩尔。摩尔在bsse.ethz.ch >

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HTML	R脚本	GeneAccord
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细节

biocViews	BiomedicalInformatics,FeatureExtraction,FunctionalGenomics,GeneticVariability,遗传学,GenomicVariation,MathematicalBiology,通路,PatternLogic,软件,SomaticMutation,SystemsBiology
版本	1.12.0
Bioconductor自	BioC 3.8 (r - 3.5)(3.5年)
许可证	文件许可证
取决于	R (> = 3.5)
进口	biomaRt,caTools,dplyr,ggplot2、图形、grDevicesgtools,ggpubr,magrittr,maxLik,RColorBrewer,reshape2统计数据,宠物猫,跑龙套
链接
建议	为了,BiocStyle,devtools,knitr,rmarkdown,testthat
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增强了
URL	https://github.com/cbg-ethz/GeneAccord
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包档案

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源包	GeneAccord_1.12.0.tar.gz
Windows二进制	GeneAccord_1.12.0.zip
macOS 10.13(高山脉)	GeneAccord_1.12.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/GeneAccord
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ GeneAccord
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/GeneAccord/
包下载报告	下载数据