Harshlight

DOI:10.18129 / B9.bioc.Harshlight

这个包是版本3.14的Bioconductor;有关稳定的最新发布版本，请参见Harshlight。

微阵列芯片的“校正补片”程序

Bioconductor版本:3.14

该封装用于检测微阵列芯片上的扩展、扩散和紧凑缺陷。Harshlight自动标记芯片集合中的区域(affybatch对象)，并返回一个纠正的affybatch对象，其中有缺陷的区域被替换为NAs或集合中其他芯片中相同探针值的中值。新版本将替换值作为整个矩阵来处理，以解决内存问题。

作者:Mayte Suarez-Farinas, Maurizio Pellegrino, Knut M. Wittkowski, Marcelo O. Magnasco

维护者:Maurizio Pellegrino < ppellegri at berkeley.edu>

安装

要安装这个包，启动R(版本"4.1")并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("Harshlight")

对于旧版本的R，请参考相应的Bioconductor释放。

文档

要查看系统中安装的此软件包版本的文档，启动R并输入:

browseVignettes(“Harshlight”)

PDF	R脚本	Harshlight
PDF		参考手册

细节

biocViews	微阵列，OneChannel，预处理，质量控制，ReportWriting，软件
版本	1.66.0
在Bioconductor中	BioC 1.9 (R-2.4)(15.5年)
许可证	GPL (>= 2)
取决于	R (>= 2.10)
进口	affy，altcdfenvs，Biobase，统计，utils
链接
建议
SystemRequirements
增强了
URL	http://asterion.rockefeller.edu/Harshlight/
这取决于我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在您的R会话中使用此包的说明。

源包	Harshlight_1.66.0.tar.gz
Windows二进制	Harshlight_1.66.0.zip(32- & 64位)
macOS 10.13 (High Sierra)	Harshlight_1.66.0.tgz
源库	git clone https://git.bioconductor.org/packages/Harshlight
源存储库(开发人员访问)	git clone git@git.bioconductor.org:packages/Harshlight
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/Harshlight/
软件包下载报告	下载数据