IRanges

DOI:10.18129 / B9.bioc.IRanges

这个包是版本3.14的Bioconductor;有关稳定的最新发布版本，请参见IRanges．

Bioconductor中整数范围操作的基础

Bioconductor版本:3.14

提供高效的低级和高度可重用的S4类，用于存储、操作和聚合带注释的整数范围。实现范围运算的代数，包括查找重叠和最近邻的有效算法。定义高效的类列表类，用于存储、转换和聚合大型分组数据，即原子向量和dataframe的集合。

作者:H. pag， P. Aboyoun, M.劳伦斯

维护者:Bioconductor Package维护者< maintainer@bioconductor.org >

安装

要安装这个包，启动R(版本"4.1")并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") BiocManager::install(" irange ")

对于旧版本的R，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此软件包版本的文档，启动R并输入:

browseVignettes(“IRanges”)

PDF	R脚本	IRanges包的概述
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	DataRepresentation，基础设施，软件
版本	2.28.0
在Bioconductor中	BioC 2.3 (R-2.8)(13.5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (>= 4.0.0)， methods, utils, stats，BiocGenerics(> = 0.39.2),S4Vectors(> = 0.29.19)
进口	stats4
链接	S4Vectors
建议	XVector，GenomicRanges，Rsamtools，GenomicAlignments，GenomicFeatures，BSgenome.Celegans.UCSC.ce2，pasillaBamSubset，RUnit，BiocStyle
SystemRequirements
增强了
URL	//www.andersvercelli.com/packages/IRanges
BugReports	https://github.com/Bioconductor/IRanges/issues
这取决于我	AnnotationDbi，AnnotationHubData，BaalChIP，bambu，biomvRCNS，Biostrings，BiSeq，BSgenome，BubbleTree，bumphunter，咖啡馆，卡斯珀，CexoR，chimeraviz，ChIPComp，ChIPpeakAnno，chipseq，食典委，consensusSeekeR，CSAR，CSSQ，customProDB，deepSNV，DelayedArray，DESeq2，DEXSeq，DirichletMultinomial，DMCFB，DMCHMM，DMRcaller，epigenomix，epihet，ExCluster，exomeCopy，fCCAC，geneRxCluster，GenomeInfoDb，GenomicAlignments，GenomicDistributions，GenomicFeatures，GenomicRanges，groHMM，gtrellis，Gviz，harbChIP，HelloRanges，HiTC，IdeoViz，InTAD，LiebermanAidenHiC2009，MotifDb，NADfinder，ORFik，OTUbase，pd.ag，pd.aragene.1.0.st，pd.aragene.1.1.st，pd.ath1.121501，pd.barley1，pd.bovgene.1.0.st，pd.bovgene.1.1.st，pd.bovine，pd.bsubtilis，pd.cangene.1.0.st，pd.cangene.1.1.st，pd.canine，pd.canine.2，pd.celegans，pd.chicken，pd.chigene.1.0.st，pd.chigene.1.1.st，pd.chogene.2.0.st，pd.chogene.2.1.st，pd.citrus，pd.clariom.d.human，pd.clariom.s.human，pd.clariom.s.human.ht，pd.clariom.s.mouse，pd.clariom.s.mouse.ht，pd.clariom.s.rat，pd.clariom.s.rat.ht，pd.cotton，pd.cyngene.1.0.st，pd.cyngene.1.1.st，pd.cyrgene.1.0.st，pd.cyrgene.1.1.st，pd.cytogenetics.array，pd.drogene.1.0.st，pd.drogene.1.1.st，pd.drosgenome1，pd.drosophila.2，pd.e.coli.2，pd.ecoli，pd.ecoli.asv2，pd.elegene.1.0.st，pd.elegene.1.1.st，pd.equgene.1.0.st，pd.equgene.1.1.st，pd.felgene.1.0.st，pd.felgene.1.1.st，pd.fingene.1.0.st，pd.fingene.1.1.st，pd.genomewidesnp.5，pd.genomewidesnp.6，pd.guigene.1.0.st，pd.guigene.1.1.st，pd.hc.g110，pd.hg.focus，pd.hg.u133.plus.2，pd.hg.u133a，pd.hg.u133a.2，pd.hg.u133a.tag，pd.hg.u133b，pd.hg.u219，pd.hg.u95a，pd.hg.u95av2，pd.hg.u95b，pd.hg.u95c，pd.hg.u95d，pd.hg.u95e，pd.hg18.60mer.expr，pd.ht.hg.u133.plus.pm，pd.ht.hg.u133a，pd.ht.mg.430a，pd.hta.2.0，pd.hu6800，pd.huex.1.0.st.v2，pd.hugene.1.0.st.v1，pd.hugene.1.1.st.v1，pd.hugene.2.0.st，pd.hugene.2.1.st，pd.maize，pd.mapping250k.nsp，pd.mapping250k.sty，pd.mapping50k.hind240，pd.mapping50k.xba240，pd.margene.1.0.st，pd.margene.1.1.st，pd.medgene.1.0.st，pd.medgene.1.1.st，pd.medicago，pd.mg.u74a，pd.mg.u74av2，pd.mg.u74b，pd.mg.u74bv2，pd.mg.u74c，pd.mg.u74cv2，pd.mirna.1.0，pd.mirna.2.0，pd.mirna.3.0，pd.mirna.4.0，pd.moe430a，pd.moe430b，pd.moex.1.0.st.v1，pd.mogene.1.0.st.v1，pd.mogene.1.1.st.v1，pd.mogene.2.0.st，pd.mogene.2.1.st，pd.mouse430.2，pd.mouse430a.2，pd.mta.1.0，pd.mu11ksuba，pd.mu11ksubb，pd.nugo.hs1a520180，pd.nugo.mm1a520177，pd.ovigene.1.0.st，pd.ovigene.1.1.st，pd.pae.g1a，pd.plasmodium.anopheles，pd.poplar，pd.porcine，pd.porgene.1.0.st，pd.porgene.1.1.st，pd.rabgene.1.0.st，pd.rabgene.1.1.st，pd.rae230a，pd.rae230b，pd.raex.1.0.st.v1，pd.ragene.1.0.st.v1，pd.ragene.1.1.st.v1，pd.ragene.2.0.st，pd.ragene.2.1.st，pd.rat230.2，pd.rcngene.1.0.st，pd.rcngene.1.1.st，pd.rg.u34a，pd.rg.u34b，pd.rg.u34c，pd.rhegene.1.0.st，pd.rhegene.1.1.st，pd.rhesus，pd.rice，pd.rjpgene.1.0.st，pd.rjpgene.1.1.st，pd.rn.u34，pd.rta.1.0，pd.rusgene.1.0.st，pd.rusgene.1.1.st，pd.s.aureus，pd.soybean，pd.soygene.1.0.st，pd.soygene.1.1.st，pd.sugar.cane，pd.tomato，pd.u133.x3p，pd.vitis.vinifera，pd.wheat，pd.x.laevis.2，pd.x.tropicalis，pd.xenopus.laevis，pd.yeast.2，pd.yg.s98，pd.zebgene.1.0.st，pd.zebgene.1.1.st，pd.zebrafish，pepStat，periodicDNA，plyranges，proBAMr，PSICQUIC，RepViz，rfPred，rGADEM，rGREAT，RJMCMCNucleosomes，RNAmodR，Scale4C，范围，SGSeq，SICtools，SNPlocs.Hsapiens.dbSNP.20101109，SNPlocs.Hsapiens.dbSNP.20120608，SNPlocs.Hsapiens.dbSNP141.GRCh38，SNPlocs.Hsapiens.dbSNP142.GRCh37，Structstrings，TEQC，tra利用，三层，VariantTools，VplotR，XtraSNPlocs.Hsapiens.dbSNP141.GRCh38，XVector
进口我	ALDEx2，AllelicImbalance，高山，amplican，AneuFinder，annmap，annotatr，appreci8R，ArrayExpressHTS，ASpediaFI，ASpli，AssessORF，ATACseqQC，atena，舞会礼服，bamsignals，BasicSTARRseq，BBCAnalyzer，beadarray，BiocOncoTK，biovizBase，BiSeq，BitSeq，bnbc，BPRMeth，分歧点，breakpointR，BRGenomics，BSgenome，bsseq，BUMHMM，BumpyMatrix，BUSpaRse，CAGEfightR，cageminer，篮球选手，cBioPortalData，别致的，ChIPanalyser，chipenrich，chipenrich.data，ChIPexoQual，ChIPQC，ChIPseeker，chipseq，ChIPseqR，ChIPsim，ChromHeatMap，ChromSCape，chromstaR，chromswitch，chromVAR，西塞罗，CINdex，circRNAprofiler，cleanUpdTSeq，切肉刀，cn.mops，cn，CNVfilteR，CNVPanelizer，CNVRanger，CNVrd2，可可，彗星，compEpiTools，ComplexHeatmap，contiBAIT，conumee，copynumber，CopyNumberPlots，文案，CoverageView，CRISPRseek，CrispRVariants，csaw，dada2，DAMEfinder，dasper，debrowser，解读，deconvR，DegNorm，DelayedMatrixStats，deltaCaptureC，derfinder，derfinderHelper，derfinderPlot，DEScan2，DiffBind，diffHic，diffloop，diffUTR，DMRcate，DMRScan，dmrseq，DominoEffect，dpeak，DRIMSeq，DropletUtils，dStruct，easyRNASeq，EDASeq，eisaR，埃尔默，enhancerHomologSearch，ENmix，EnrichedHeatmap，enrichTF，ensembldb，epidecodeR，epigraHMM，epistack，EpiTxDb，epivizr，epivizrData，erma，esATAC，EventPointer，exomePeak2，FastqCleaner，fastseg，fcScan，FilterFFPE，FindIT2，FindMyFriends，fitCons.UCSC.hg19，弗雷泽，GA4GHclient，gcapc，genbankr，geneAttribution，GeneGeneInteR，《创世纪》，GeneStructureTools，GenoGAM，genomation，genomeIntervals，GenomicAlignments，GenomicDataCommons，GenomicFiles，GenomicInteractions，GenomicOZone，GenomicScores，GenomicState，GenomicTuples，genotypeeval，GenVisR，ggbio，girafe，gmapR，gmoviz，GOfuncR，还装有，哥特，gpart软件，GSVA，GUIDEseq，gwascat，h5vc，HDF5Array，的热图，HiCBricks，HiCcompare，HiCDCPlus，HilbertCurve，HTSeqGenie，蜂鸟，icetea，理想的，idr2d，ima，InPAS，检查，intansv，InteractionSet，InteractiveComplexHeatmap，感兴趣，InterMineR，ipdDb，iSEEu，IsoformSwitchAnalyzeR，isomiRs，iva，IWTomics，karyoploteR，leeBamViews，萝拉，m6Aboost，MACPET，MADSEQ，MafDb.1Kgenomes.phase1.GRCh38，MafDb.1Kgenomes.phase1.hs37d5，MafDb.1Kgenomes.phase3.GRCh38，MafDb.1Kgenomes.phase3.hs37d5，MafDb.ExAC.r1.0.GRCh38，MafDb.ExAC.r1.0.hs37d5，MafDb.ExAC.r1.0.nonTCGA.GRCh38，MafDb.ExAC.r1.0.nonTCGA.hs37d5，MafDb.gnomAD.r2.1.GRCh38，MafDb.gnomAD.r2.1.hs37d5，MafDb.gnomADex.r2.1.GRCh38，MafDb.gnomADex.r2.1.hs37d5，MafDb.TOPMed.freeze5.hg19，MafDb.TOPMed.freeze5.hg38，MafH5.gnomAD.v3.1.1.GRCh38，微波激射器，MatrixRider，mCSEA，联合化疗，餐，MEDIPS，MesKit，metagene，metagene2，metaseqR2，MethCP，methimpute，methInheritSim，MethReg，methrix，methylCC，methylInheritance，methylKit，methylPipe，MethylSeekR，MethylSeqData，methylSig，methylumi，米娅，microbiomeMarker，minfi，MinimumDistance，米拉，missMethyl，MMAPPR2，Modstrings，蒙娜丽莎，马赛克，MOSim，motifbreakR，motifmatchr，MouseFM，msa，MsBackendMassbank，MsBackendMgf，MsBackendRawFileReader，msgbsR，MSnbase，MultiAssayExperiment，MultiDataSet，mumosa，musicatk，MutationalPatterns，NanoStringNCTools，ncRNAtools，netDx，NoRCE，normr，nucleoSim，诊断，nullranges，NxtIRFcore，奥得河，oligoClasses，OmaDB，OMICsPCA，openPrimeR，Organism.dplyr，OrganismDbi，先驱者，packFinder，panelcn.mops，pcaExplorer，pd.081229.hg18.promoter.medip.hx1，pd.2006.07.18.hg18.refseq.promoter，pd.2006.07.18.mm8.refseq.promoter，pd.2006.10.31.rn34.refseq.promoter，pd.atdschip.tiling，pd.charm.hg18.example，pd.feinberg.hg18.me.hx1，pd.feinberg.mm8.me.hx1，pd.mirna.3.1，pdInfoBuilder，phastCons100way.UCSC.hg19，phastCons100way.UCSC.hg38，phastCons7way.UCSC.hg38，PhIPData，π，图片，平，plethy，plotgardener，podkat，聚酯，pqsfinder，婴儿车，prebs，preciseTAD，PrecisionTrialDrawer，primirTSS，高伦雅芙，profileplyr，ProteoDisco，PureCN，Pviz，QDNAseq，QFeatures，qpgraph，qPLEXanalyzer，qsea，QuasR，R3CPET，r3Cseq，R453Plus1Toolbox，RaggedExperiment，ramr，RareVariantVis，Rcade，美国广播公司，rCGH，重新计票，收回，REDseq，地区，regutools，REMP，Repitools，ReportingTools，rfaRm，RiboCrypt，RiboDiPA，RiboProfiling，riboSeqR，ribosomeProfilingQC，RIPAT，rnaEditr，RNAmodR。AlkAnilineSeq，RNAmodR。毫升，RNAmodR。RiboMethSeq，RnBeads，咆哮，Rqc，Rsamtools，RSVSim，研制，rtracklayer，衬衣，扫描。通用产品，scanMiR，scanMiRApp，SCANVIS，SCArray，散粒，裂殖体，segmentSeq，SeqArray，seqCAT，seqPattern，seqsetvis，SeqSQC，SeqVarTools，芝麻，sevenC，ShortRead，签名者，SimFFPE，SingleMoleculeFootprinting，sitadela，击杀，snapcount，SNPhood，SNPlocs.Hsapiens.dbSNP.20101109，SNPlocs.Hsapiens.dbSNP.20120608，SNPlocs.Hsapiens.dbSNP141.GRCh38，SNPlocs.Hsapiens.dbSNP142.GRCh37，SNPlocs.Hsapiens.dbSNP144.GRCh37，SNPlocs.Hsapiens.dbSNP144.GRCh38，SNPlocs.Hsapiens.dbSNP149.GRCh38，SNPlocs.Hsapiens.dbSNP150.GRCh38，SNPlocs.Hsapiens.dbSNP151.GRCh38，soGGi，SomaticCancerAlterations，SomaticSignatures，SparseSignatures，spatialLIBD，spatzie，光谱，spicyR，有尖刺的，SplicingGraphs，分裂，srnadiff，斯坦，strandCheckR，StructuralVariantAnnotation，SummarizedExperiment，SynExtend，systemPipeRdata，TAPseq，目标，TarSeqQC，TCGAbiolinks，TCGAutils，TCseq，TFBSTools，TFEA。芯片，TFHAZ，TitanCNA，三硝基甲苯，tracktables，trackViewer，transcriptR，TransView，TreeSummarizedExperiment，一绺头发，三轮车，tRNA，tRNAdbImport，tRNAscanImport，tscR，TSRchitect，TVTB，txcutr，tximeta，UMI4Cats，Uniquorn，universalmotif，VanillaICE，VarCon，VariantAnnotation，VariantExperiment，VariantFiltering，VaSP，wavClusteR，wiggleplotr，XCIR，xcms，XNAString，XtraSNPlocs.Hsapiens.dbSNP141.GRCh38，XtraSNPlocs.Hsapiens.dbSNP144.GRCh37，XtraSNPlocs.Hsapiens.dbSNP144.GRCh38，XVector，山药
建议我	注释，AnnotationHub，BaseSpaceR，BiocGenerics，芝加哥，ClassifyR，epivizrChart，Glimma，gwascat，GWASTools，HilbertVis，HilbertVisGUI，maftools，马提尼，海市蜃楼，multicrispr，MungeSumstats，regionReport，RTCGA，S4Vectors，SigsPack，飞溅，svaNUMT，svaRetro，systemPipeR，TFutils，yeastRNASeq
链接到我	Biostrings，cn，解读，DegNorm，GenomicAlignments，GenomicRanges，烤肉串，MatrixRider，Rsamtools，rtracklayer，ShortRead，Structstrings，三层，VariantAnnotation，VariantFiltering，XVector
构建报告

包档案

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源包	IRanges_2.28.0.tar.gz
Windows二进制	IRanges_2.28.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	IRanges_2.28.0.tgz
源库	git clone https://git.bioconductor.org/packages/IRanges
源存储库(开发人员访问)	git clone git@git.bioconductor.org:packages/IRanges
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/IRanges/
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