InPAS

DOI:10.18129 / B9.bioc.InPAS

此包适用于Bioconductor 3.14版;有关稳定的最新发布版本，请参见InPAS．

一种Bioconductor包，用于从RNA-seq数据中识别新的替代聚腺苷酸位点(PAS)

Bioconductor版本:3.14

选择性聚腺苷酸化(APA)是一种重要的转录后调控机制，在大多数人类基因中都有发生。InPAS有助于从RNA-Seq数据中发现新的APA位点和APA位点的差异使用。它利用cleanUpdTSeq通过删除错误的位点来微调确定的APA位点。

作者:欧建宏[aut, cre]，刘海波[aut]，朱丽华Julie [aut]， Sungmi M. Park [aut]， Michael R. Green [aut]

维护者:欧建宏<建宏。你在duke.edu>

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.1”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“InPAS”)

超文本标记语言	R脚本	InPAS装饰图案
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	AlternativeSplicing，报道，DifferentialSplicing，GeneRegulation，ImmunoOncology，RNASeq，测序，软件，转录
版本	2.2.0
在Bioconductor	BioC 3.1 (R-3.2)(7年)
许可证	GPL (>= 2)
取决于	R(>= 3.1)，方法，Biobase，GenomicRanges，S4Vectors
进口	AnnotationDbi，BSgenome，cleanUpdTSeq，preprocessCore，IRanges，GenomeInfoDb，depmixS4，limma，BiocParallel，Biostrings，dplyr，magrittr，plyranges，readr，RSQLite，DBI，purrr，GenomicFeatures，ggplot2，reshape2
链接
建议	RUnit，BiocGenerics，BiocManager，rtracklayer，BiocStyle，knitr，减价，rmarkdown，EnsDb.Hsapiens.v86，EnsDb.Mmusculus.v79，BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19，BSgenome.Mmusculus.UCSC.mm10，TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene，TxDb.Mmusculus.UCSC.mm10.knownGene
SystemRequirements
增强了
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全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此包的说明。

源包	InPAS_2.2.0.tar.gz
Windows二进制	InPAS_2.2.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	InPAS_2.2.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/InPAS
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/InPAS
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/InPAS/
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