IsoGeneGUI

DOI:10.18129 / B9.bioc.IsoGeneGUI

这个包是版本3.14的Bioconductor;有关稳定的最新发布版本，请参见IsoGeneGUI．

进行微阵列数据剂量响应分析的图形用户界面

Bioconductor版本:3.14

IsoGene图形用户界面(IsoGene- gui)是IsoGene软件包的用户友好界面，旨在识别随着剂量增加而表达水平呈单调趋势的基因。此外，原始包的GUI扩展包含各种工具来执行剂量-反应概况的聚类。检验是通过几种检验统计来解决的:全球似然比检验(E2)， Bartholomew 1961, Barlow等人1972和Robertson等人1988)，Williams (1971, 1972)， Marcus (1976)， M (Hu等人2005)和修改后的M (Lin等人2007)。全局似然比检验(E2)的p值是利用精确分布和排列得到的。其他四个测试统计量是使用排列获得的。提供了几种p值调整:Bonferroni, Holm (1979)， Hochberg(1988)和Sidak程序用于控制家庭I型错误率(FWER)， BH (Benjamini和Hochberg 1995)和BY (Benjamini和Yekutieli 2001)程序用于控制FDR。该推断基于重采样方法，该方法控制了排列(Ge等人，2003年)和微阵列的显著性分析(SAM, Tusher等人，2001年)的错误发现率(FDR)。聚类方法外包自CRAN包ORCME、ORIClust。封装ORCME基于delta-clustering method (Cheng and Church, 2000)和ORIClust on Order Restricted Information Criterion (Liu et al.， 2009)，两者执行的任务相同，但角度不同，输出的是基因簇。此外，在IsoGene-GUI中还包括基于封装ORIC (Kuiper et al.， 2014)的给定基因的谱选择和基于封装orQA的E2排列测试。 None of these four packages has GUI.

作者:Setia Pramana, Dan Lin, Philippe Haldermans, Tobias Verbeke, Martin Otava

维护者:Setia Pramana < Setia。Pramana在亲吻

安装

要安装这个包，启动R(版本"4.1")并输入:

如果(!require("BiocManager"，悄然= TRUE)) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("IsoGeneGUI")

对于旧版本的R，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此软件包版本的文档，启动R并输入:

browseVignettes(“IsoGeneGUI”)

PDF	R脚本	IsoGeneGUI装饰图案
PDF		参考手册

细节

biocViews	DifferentialExpression，GUI，微阵列，软件
版本	2.30.0
在Bioconductor中	BioC 2.7 (R-2.12)(11.5年)
许可证	GPL-2
取决于	tcltk,xlsx
进口	Rcpp，tkrplot，乘，relimp，geneplotter，RColorBrewer，Iso，IsoGene，ORCME，ORIClustorQA,goric，ff，Biobase，jpeg
链接
建议	RUnit
SystemRequirements
增强了
URL	http://ibiostat.be/online-resources/online-resources/isogenegui/isogenegui-package
这取决于我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在您的R会话中使用此包的说明。

源包	IsoGeneGUI_2.30.0.tar.gz
Windows二进制	IsoGeneGUI_2.30.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	IsoGeneGUI_2.30.0.tgz
源库	git clone https://git.bioconductor.org/packages/IsoGeneGUI
源存储库(开发人员访问)	git clone git@git.bioconductor.org:packages/IsoGeneGUI
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/IsoGeneGUI/
软件包下载报告	下载数据