这个包是3.14版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅KnowSeq。
Bioconductor版本:3.14
KnowSeq提出了一个新颖的方法,包括最相关的基因表达在转录组分析的步骤。KnowSeq预计将作为一个综合工具,允许处理和提取相关的生物标志物,以及通过机器学习的方法来评估他们。KnowSeq的最后一个目标是生物知识提取的生物标志物(清单和可视化基因本体浓缩,途径和相关证据解决疾病)。虽然包允许手动分析所有数据,KnowSeq是可能的主要力量进行自动和智能HTML报告,收集所有相关步骤在一个文档中。highligh非常重要的管道是完全模块化和灵活的,因此它可以从任何一个不同的步骤。KnowSeq有望作为一种新的工具来帮助该领域的专家获得坚实的知识和结论和疾病研究的数据。
作者:丹尼尔Castillo-Secilla (aut (cre),胡安•曼努埃尔•Galvez[所有],旧金山Carrillo-Perez[所有],玛尔塔Verona-Almeida[所有],丹尼尔Redondo-Sanchez[所有],弗朗西斯科•曼努埃尔•Ortuno[所有],路易斯·哈维尔Herrera[所有],伊格纳西奥·罗哈斯(施)
维护人员:丹尼尔Castillo-Secilla <下套管在ugr.es >
从内部引用(R,回车引用(“KnowSeq”)
):
安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:
如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“KnowSeq”)
R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。
查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:
browseVignettes (“KnowSeq”)
HTML | R脚本 | KnowSeq用户指南 |
参考手册 | ||
文本 | 新闻 |
biocViews | 对齐,BatchEffect,分类,DataImport,DifferentialExpression,FeatureExtraction,去,GeneExpression,GeneSetEnrichment,遗传学,ImmunoOncology,微阵列,归一化,通路,预处理,质量控制,RNASeq,测序,软件,SystemsBiology,转录组 |
版本 | 1.8.1 |
Bioconductor自 | BioC 3.10 (r - 3.6)(2.5年) |
许可证 | GPL (> = 2) |
取决于 | R (> = 4.0),cqn(> = 1.28.1) |
进口 | stringr、方法、ggplot2(> = 3.3.0),jsonlite,kernlab,rlist,rmarkdown,reshape2,e1071,randomForest,脱字符号,XML,标明的,R.utils,httr,股东价值分析(> = 3.30.1),刨边机(> = 3.24.3),limma(> = 3.38.3)grDevices、图形数据,跑龙套,Hmisc(> = 4.4.0),gridExtra |
链接 | |
建议 | knitr |
SystemRequirements | |
增强了 | |
URL | |
取决于我 | |
进口我 | |
建议我 | |
我的链接 | |
构建报告 |
遵循2021年欧洲杯比分预测 指示在R会话中使用这个包。
源包 | KnowSeq_1.8.1.tar.gz |
Windows二进制 | KnowSeq_1.8.1.zip |
macOS 10.13(高山脉) | KnowSeq_1.8.1.tgz |
源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/KnowSeq |
源库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:包/ KnowSeq |
包短Url | //www.andersvercelli.com/packages/KnowSeq/ |
包下载报告 | 下载数据 |
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