LOBSTAHS

DOI:10.18129 / B9.bioc.LOBSTAHS

这个包是版本3.14的Bioconductor;有关稳定的最新发布版本，请参见LOBSTAHS。

通过加合物层次序列筛选脂质和氧化脂质生物标志物

Bioconductor版本:3.14

LOBSTAHS是一个多功能软件包，用于筛选，注释和大型HPLC-MS脂质数据集的质谱特征的推定鉴定。通过数据库生成功能，可以从用户提供的结构标准生成各种脂类、氧化脂类和氧化脂类的计算机数据。然后，LOBSTAHS应用这些数据库为使用xcms和CAMERA处理的任何高质量精度数据集中的特征分配假定的复合身份。然后，用户可以应用一系列基于加合离子形成模式、色谱保留时间和其他属性的正交筛选标准，对该初步分配列表进行评估和分配置信度分数。在筛选过程中，LOBSTAHS拒绝不符合指定标准的赋值，识别潜在的异构体和等排，并分配各种注释代码，以帮助用户评估每个赋值的准确性。

作者:James Collins [aut, cre]， Helen Fredricks [aut]， Bethanie Edwards [aut]， Henry Holm [aut]， Benjamin Van Mooy [aut]， Daniel Lowenstein [aut]

维护人员:Henry Holm ， Daniel Lowenstein < Lowenstein at whoi.edu>， James Collins < James .r。Collins在aya.yale.edu b>

安装

要安装这个包，启动R(版本"4.1")并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") biomanager::install("LOBSTAHS")

对于旧版本的R，请参考相应的Bioconductor释放。

文档

要查看系统中安装的此软件包版本的文档，启动R并输入:

browseVignettes(“LOBSTAHS”)

超文本标记语言	R脚本	使用LOBSTAHS在HPLC-MS数据集中发现、鉴定和筛选脂类和氧脂类
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	DataImport，ImmunoOncology，Lipidomics，MassSpectrometry，代谢组学，软件
版本	1.20.0
在Bioconductor中	BioC 3.4 (R-3.3)(5.5年)
许可证	GPL(>= 3) +文件许可证
取决于	R (>= 3.4)，xcms，相机、方法
进口	跑龙套
链接
建议	PtH2O2lipids，knitr，rmarkdown
SystemRequirements
增强了
URL	//www.andersvercelli.com/packages/LOBSTAHS
BugReports	https://github.com/vanmooylipidomics/LOBSTAHS/issues/new
这取决于我	PtH2O2lipids
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在您的R会话中使用此包的说明。

源包	LOBSTAHS_1.20.0.tar.gz
Windows二进制	LOBSTAHS_1.20.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	LOBSTAHS_1.20.0.tgz
源库	git clone https://git.bioconductor.org/packages/LOBSTAHS
源存储库(开发人员访问)	git clone git@git.bioconductor.org:packages/LOBSTAHS
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/LOBSTAHS/
软件包下载报告	下载数据