MethylMix

DOI:10.18129 / B9.bioc.MethylMix

这个包是版本3.14的Bioconductor;有关稳定的最新发布版本，请参见MethylMix．

MethylMix:鉴定甲基化驱动的癌症基因

Bioconductor版本:3.14

MethylMix是一种算法，用于识别疾病的高甲基化和低甲基化基因。MethylMix基于β混合模型来识别甲基化状态，并将其与正常DNA甲基化状态进行比较。MethylMix使用一种新的统计数据，即差异甲基化值或dm值，定义为甲基化状态与正常甲基化状态的差异。最后，通过关注影响基因表达的甲基化变化，使用匹配的基因表达数据来识别除差异外的功能性甲基化状态。参考文献:Gevaert 0。MethylMix:用于鉴定DNA甲基化驱动基因的R包。生物信息学(牛津，英国)。2015; 31(11): 1839 - 41。doi: 10.1093 /生物信息学/ btv020。李建军，李建军，李建军，等。DNA甲基化驱动基因在胰腺癌研究中的应用。 Genome Biology. 2015;16(1):17. doi:10.1186/s13059-014-0579-8.

作者:Olivier Gevaert

维护者:Olivier Gevaert < Olivier。gmail.com>

安装

要安装这个包，启动R(版本"4.1")并输入:

如果(!install.packages("BiocManager") BiocManager::install("MethylMix")

对于旧版本的R，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此软件包版本的文档，启动R并输入:

browseVignettes(“MethylMix”)

超文本标记语言	R脚本	MethylMix
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	DNAMethylation，DifferentialExpression，DifferentialMethylation，GeneExpression，GeneRegulation，MethylationArray，网络，通路，软件，StatisticalMethod
版本	2.24.0
在Bioconductor中	BioC 3.0 (R-3.1)(7.5年)
许可证	GPL-2
取决于	R (>= 3.2.0)
进口	foreach，RPMM，RColorBrewer，ggplot2，RCurl，嫁祸于，data.table，limma，R.matlab，消化
链接
建议	BiocStyle，doParallel，testthat，knitr，rmarkdown
SystemRequirements
增强了
URL
这取决于我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在您的R会话中使用此包的说明。

源包	MethylMix_2.24.0.tar.gz
Windows二进制	MethylMix_2.24.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	MethylMix_2.24.0.tgz
源库	git clone https://git.bioconductor.org/packages/MethylMix
源存储库(开发人员访问)	git clone git@git.bioconductor.org:packages/MethylMix
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/MethylMix/
软件包下载报告	下载数据