NanoMethViz

DOI:10.18129 / B9.bioc.NanoMethViz

此包适用于Bioconductor 3.14版;有关稳定的最新发布版本，请参见NanoMethViz．

从牛津纳米孔测序可视化甲基化数据

Bioconductor版本:3.14

NanoMethViz是一个用于可视化牛津纳米孔测序甲基化数据的工具包。它可以用来探索来自牛津纳米孔直接DNA测序的甲基化模式，包括nanopolish, f5c和巨齿鲨。这个包中的图允许在实验组和基因组特征类别中聚合甲基化剖面的可视化。

作者:Shian Su [cre, aut]

维护者:Shian Su < Su。S at wehi.edu.au>

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.1”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

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browseVignettes(“NanoMethViz”)

超文本标记语言	R脚本	降维
超文本标记语言	R脚本	外显子的注释
超文本标记语言	R脚本	导入数据
超文本标记语言	R脚本	简介
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细节

biocViews	DifferentialMethylation，软件，可视化
版本	2.0.0
在Bioconductor	BioC 3.12 (R-4.0)(1.5年)
许可证	Apache License (>= 2.0)
取决于	R(>= 4.0.0)，方法，ggplot2
进口	cpp11(> = 0.2.5),readr，S4Vectors，SummarizedExperiment，BiocSingular，bsseq，forcats，为了，AnnotationDbi，Rcpp，dplyr，data.table，e1071，fs，GenomicRanges，ggthemes，胶水，limma(> = 3.44.0),拼接而成，purrr，rlang，RSQLite，Rsamtools，尺度，scico统计数据,stringr，宠物猫，tidyr跑龙套,withr，zlibbioc
链接	Rcpp
建议	DSS，Mus.musculus，Homo.sapiens，knitr，rmarkdown，testthat(> = 3.0.0),covr
SystemRequirements	c++ 11
增强了
URL	https://github.com/shians/NanoMethViz
BugReports	https://github.com/Shians/NanoMethViz/issues
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包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此包的说明。

源包	NanoMethViz_2.0.0.tar.gz
Windows二进制	NanoMethViz_2.0.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	NanoMethViz_2.0.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/NanoMethViz
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/NanoMethViz
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/NanoMethViz/
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