NetSAM

DOI:10.18129 / B9.bioc.NetSAM

此包适用于Bioconductor 3.14版;有关稳定的最新发布版本，请参见NetSAM．

网络系列化与模块化

Bioconductor版本:3.14

NetSAM(网络序列化和模块化)包将加权或非加权网络的边表表示作为输入，执行网络序列化和模块化分析，并生成可作为一维网络可视化工具NetGestalt (http://www.netgestalt.org)或其他网络分析输入的文件。NetSAM包还可以根据输入矩阵数据生成相关网络(如共表达式网络)，对相关网络进行序列化和模块化分析，计算样本特征与模块之间的关联关系或为模块识别相关的GO术语。

作者:王晶<京。王在bcm.edu>

维护者:Zhiao Shi < Zhiao。Shi在gmail.com>

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.1”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“NetSAM”)

PDF	R脚本	NetSAM用户指南
PDF		参考手册

细节

biocViews	软件
版本	1.34.0
在Bioconductor	BioC 2.13 (R-3.0)(8.5年)
许可证	LGPL
取决于	R (>= 3.0.0)，系列化(> = 1.0 6),igraph(>= 0.6-1)，工具(>= 3.0.0)，WGCNA(> = 1.34.0),biomaRt(> = 2.18.0)
进口	方法,AnnotationDbi(> = 1.28.0),doParallel(> = 1.0.10),foreach(> = 1.4.0),生存(> = 2.37 7),GO.db(> = 2.10.0),R2HTML(> = 2.2.0),DBI(> = 0.5 - 1)
链接
建议	RUnit，BiocGenerics，org.Sc.sgd.db，org.Hs.eg.db，org.Mm.eg.db，org.Rn.eg.db，org.Dr.eg.db，org.Ce.eg.db，org.Cf.eg.db，org.Dm.eg.db，org.At.tair.db，rmarkdown，knitr，减价
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此包的说明。

源包	NetSAM_1.34.0.tar.gz
Windows二进制
macOS 10.13 (High Sierra)	NetSAM_1.34.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/NetSAM
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/NetSAM
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/NetSAM/
软件包下载报告	下载数据