NoRCE

DOI:10.18129 / B9.bioc.NoRCE

此包适用于Bioconductor 3.14版;有关稳定的最新发布版本，请参见NoRCE．

NoRCE:非编码RNA集Cis注释和富集

Bioconductor版本:3.14

虽然一些非编码rna (ncrna)被赋予了关键的调控作用，但大多数仍然在功能上未被描述。当一组有趣的ncrna需要在功能上下文中分析时，这就提出了一个挑战。位于基因组附近的转录本通常一起被调控。这种序列上的基因组相似性可以暗示一种功能关联。我们提出了一种工具，NoRCE，对一组给定的ncrna进行顺式富集分析。使用位于输入ncrna附近的编码基因的功能注释进行富集。其他生物学相关信息，如拓扑关联结构域(TAD)边界、共表达模式和miRNA靶标预测信息可以被纳入，以进行更丰富的富集分析。为此，NoRCE包括几个相关数据集作为其数据存储库的一部分，包括细胞系特定的TAD边界、功能基因集以及编码和癌症特异性ncrna的表达数据。此外，用户可以在调查中使用自定义数据文件。丰富的结果可以以表格格式检索，也可以以几种不同的方式进行可视化。 NoRCE is currently available for the following species: human, mouse, rat, zebrafish, fruit fly, worm, and yeast.

作者:古尔登·奥尔根[aut, cre]

维护人员:Gulden Olgun < Gulden at cs.bilkent.edu.tr>

安装

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如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

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文档

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browseVignettes(“NoRCE”)

超文本标记语言	R脚本	非编码RNA序列Cis注释与富集
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	BiologicalQuestion，DifferentialExpression，去，GeneSetEnrichment，GeneTarget，GenomeAnnotation，GenomeAssembly，软件
版本	1.6.0
在Bioconductor	BioC 3.11 (R-4.0)(2年)
许可证	MIT +文件许可证
取决于	R (>= 4.0)
进口	KEGGREST，png，dplyr、图形、RSQLite，DBI，tidyrgrDevices,S4Vectors，SummarizedExperiment，reactome.db，rWikiPathways，RCurl，dbplyr跑龙套,ggplot2，igraph统计数据,reshape2，readr，GO.db，zlibbioc，biomaRt，rtracklayer，IRanges，GenomicRanges，GenomicFeatures，AnnotationDbi
链接
建议	knitr，TxDb.Hsapiens.UCSC.hg38.knownGene，TxDb.Drerio.UCSC.danRer10.refGene，TxDb.Mmusculus.UCSC.mm10.knownGene，TxDb.Dmelanogaster.UCSC.dm6.ensGene，testthat，TxDb.Celegans.UCSC.ce11.refGene，rmarkdown，TxDb.Rnorvegicus.UCSC.rn6.refGene，TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene，org.Mm.eg.db，org.Rn.eg.db，org.Hs.eg.db，org.Dr.eg.db，BiocGenerics，org.Sc.sgd.db，org.Ce.eg.db，org.Dm.eg.db、方法、减价
SystemRequirements
增强了
URL
BugReports	https://github.com/guldenolgun/NoRCE/issues
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包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此包的说明。

源包	NoRCE_1.6.0.tar.gz
Windows二进制	NoRCE_1.6.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	NoRCE_1.6.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/NoRCE
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/NoRCE
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/NoRCE/
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