OmnipathR

DOI:10.18129 / B9.bioc.OmnipathR

此包适用于Bioconductor 3.14版;有关稳定的最新发布版本，请参见OmnipathR．

OmniPath web服务客户端等

Bioconductor版本:3.14

OmniPath web服务(https://www.omnipathdb.org)和许多其他资源的客户端。它还包括转换和漂亮打印一些下载数据的函数，访问许多其他资源的函数，如BioPlex, ConsensusPathDB, EVEX，基因本体论，药理学指南(IUPHAR/BPS)， Harmonizome, HTRIdb，人类表型本体论，InWeb InBioMap, KEGG Pathway, Pathway Commons, Ramilowski等人2015,RegNetwork, ReMap, TF普查，rust和Vinayagam等人2011。此外，OmnipathR具有与NicheNet方法的密切集成，用于从转录组学数据中预测配体活性，其R实现' nichenetr '(仅在github上可用)。

作者:Alberto Valdeolivas [aut]， Denes Turei [cre, aut]，阿提拉·加博尔[au]

维护者:Denes Turei

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.1”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“OmnipathR”)

超文本标记语言	R脚本	利用OmnipathR围绕药物靶点建立网络
超文本标记语言	R脚本	OmniPath生物导体车间
超文本标记语言	R脚本	OmnipathR:用于OmniPath web服务的R客户端
超文本标记语言	R脚本	道路建设
超文本标记语言	R脚本	使用OmnipathR的NicheNet
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	注释,DataImport,DataRepresentation,GeneRegulation,GeneSignaling,GraphAndNetwork,KEGG,网络,通路,SingleCell,软件,SystemsBiology,ThirdPartyClient,转录组
版本	3.2.8
在Bioconductor	BioC 3.10 (R-3.6)(2.5年)
许可证	MIT +文件许可证
取决于	R (>= 4.0)
进口	使彻底失败,蜡笔,旋度,消化,dplyr,httr,igraph,jsonlite,晚些时候,日志记录器,magrittr,进步,purrr,rappdirs,readr(> = 2.0.0),readxl,rlang统计数据,stringr,宠物猫,tidyr,tidyselect，工具，utils，xml2,yaml
链接
建议	BiocStyle,dnet,ggplot2,ggraph,gprofiler2,knitr,mlrMBO,parallelMap,ParamHelpers,Rgraphviz,rmarkdown,smoof,supraHex,testthat
SystemRequirements
增强了
URL	https://saezlab.github.io/OmnipathR/
BugReports	https://github.com/saezlab/OmnipathR/issues
全靠我
进口我	wppi
建议我	解耦
链接到我
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此包的说明。

源包	OmnipathR_3.2.8.tar.gz
Windows二进制	OmnipathR_3.2.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	OmnipathR_3.2.8.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/OmnipathR
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/OmnipathR
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/OmnipathR/
软件包下载报告	下载数据