PanVizGenerator

DOI:10.18129 / B9.bioc.PanVizGenerator

这个包是弃用。它可能会从Bioconductor删除。请参考包临终的指导方针为更多的信息。

这个包是Bioconductor的3.14版本。这个包已经从Bioconductor删除。最后稳定,最新的发布版本,请参阅PanVizGenerator。

从你的pangenome生成PanViz可视化效果

Bioconductor版本:3.14

PanViz是一个基于JavaScript功能阳极注释pangenomes可视化工具。PanVizGenerator是PanViz的同伴,促进必要的数据预处理步骤中需要创建一个PanViz可视化工作。输出是完全自包含的可视化的收件人不需要R或PanVizGenerator安装。

作者:托马斯·彼得森林

维护人员:林托马斯·皮德森< thomasp85 gmail.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“PanVizGenerator”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“PanVizGenerator”)

HTML	R脚本	创建与PanVizGenerator PanViz可视化
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	ComparativeGenomics,GUI,软件,可视化
版本	1.22.0
Bioconductor自	BioC 3.3 (r - 3.3)(6年)
许可证	GPL (> = 2)
取决于	方法
进口	闪亮的、工具、jsonlite,pcaMethods,FindMyFriends,igraph统计,跑龙套
链接
建议	BiocStyle,knitr,rmarkdown,testthat,消化
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/thomasp85/PanVizGenerator
BugReports	https://github.com/thomasp85/PanVizGenerator/issues
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 指示在R会话中使用这个包。

源包	PanVizGenerator_1.22.0.tar.gz
Windows二进制
macOS 10.13(高山脉)	PanVizGenerator_1.22.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/PanVizGenerator
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ PanVizGenerator
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/PanVizGenerator/
包下载报告	下载数据