REDseq

DOI:10.18129 / B9.bioc.REDseq

这个包是版本3.14的Bioconductor;有关稳定的最新发布版本，请参见REDseq。

限制性内切酶高通量测序数据分析

Bioconductor版本:3.14

该包包括构建限制性内切酶位点(RECS)图谱，用五种不同的方法在图谱上分布已绘制的序列，找到样品的富集/缺失RECS，以及识别样品之间差异富集/缺失RECS的功能。

作者:朱丽华、李俊辉、Thomas Fazzio

维护者:朱丽华朱莉<朱莉。网址:umassmed.edu b>

安装

要安装这个包，启动R(版本"4.1")并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("REDseq")

对于旧版本的R，请参考相应的Bioconductor释放。

文档

要查看系统中安装的此软件包版本的文档，启动R并输入:

browseVignettes(“REDseq”)

PDF	R脚本	REDseq装饰图案
PDF		参考手册

细节

biocViews	预处理，SequenceMatching，测序，软件
版本	1.40.0
在Bioconductor中	BioC 2.9 (R-2.14)(10.5年)
许可证	GPL (> = 2)
取决于	R (>= 3.5.0)，BiocGenerics，BSgenome.Celegans.UCSC.ce2，乘，Biostrings，BSgenome，ChIPpeakAnno
进口	AnnotationDbi、图形、IRanges(>= 1.13.5)， stats, utils
链接
建议
SystemRequirements
增强了
URL
这取决于我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在您的R会话中使用此包的说明。

源包	REDseq_1.40.0.tar.gz
Windows二进制	REDseq_1.40.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	REDseq_1.40.0.tgz
源库	git clone https://git.bioconductor.org/packages/REDseq
源存储库(开发人员访问)	git clone git@git.bioconductor.org:packages/REDseq
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/REDseq/
软件包下载报告	下载数据