RTCGA

DOI:10.18129 / B9.bioc.RTCGA

此包适用于Bioconductor 3.14版;有关稳定的最新发布版本，请参见RTCGA．

癌症基因组图谱数据集成

Bioconductor版本:3.14

癌症基因组图谱(TCGA)数据门户为研究人员提供了一个搜索、下载和分析TCGA生成的数据集的平台。它包含临床信息、基因组特征数据和肿瘤基因组的高水平序列分析。关键是要了解基因组学来改善癌症治疗。RTCGA包提供了使用患者条形码密钥下载和集成TCGA数据的种类和数量，使数据更容易拥有。这可能对科学的发展和患者治疗的改善产生有益的影响。此外，RTCGA包将TCGA数据转换为便于使用的整齐格式。

作者:Marcin Kosinski ，Przemyslaw Biecek

维护者:Marcin Kosinski

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.1”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“RTCGA”)

超文本标记语言		集成TCGA数据- RTCGA工作流
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	DataImport，DataRepresentation，ImmunoOncology，预处理，RNASeq，软件
版本	1.24.0
在Bioconductor	BioC 3.2 (R-3.2)(6.5年)
许可证	GPL-2
取决于	R (>= 3.3.0)
进口	XML，为了，stringi，房车，data.table，xml2，dplyr，purrr，生存，survminer，ggplot2，ggthemes，冬青，knitr，尺度
链接
建议	devtools，testthat，老鸨，rmarkdown，Biobase，GenomicRanges，IRanges，S4Vectors，RTCGA.rnaseq，RTCGA.clinical，RTCGA.mutations，RTCGA。RPPA，RTCGA.mRNA，RTCGA.miRNASeq，RTCGA.methylation，RTCGA。CNV，RTCGA。PANCAN12，magrittr，tidyr
SystemRequirements
增强了
URL	https://rtcga.github.io/RTCGA
BugReports	https://github.com/RTCGA/RTCGA/issues
全靠我	RTCGA.clinical，RTCGA。CNV，RTCGA.methylation，RTCGA.miRNASeq，RTCGA.mRNA，RTCGA.mutations，RTCGA。PANCAN12，RTCGA.rnaseq，RTCGA。RPPA
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此包的说明。

源包	RTCGA_1.24.0.tar.gz
Windows二进制	RTCGA_1.24.0.zip(32位和64位)
macOS 10.13 (High Sierra)	RTCGA_1.24.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/RTCGA
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/RTCGA
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/RTCGA/
软件包下载报告	下载数据