Rhisat2

DOI:10.18129 / B9.bioc.Rhisat2

这个包是3.14版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅Rhisat2。

R为HISAT2对准器包装器

Bioconductor版本:3.14

R接口HISAT2拼接短内容调整器由金正日et al . (2015)。包包含包装器函数来创建一个基因组指数和执行读对齐生成的指数。

作者:夏洛特Soneson (aut (cre)

维护人员:夏洛特Soneson < charlottesoneson gmail.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“Rhisat2”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“Rhisat2”)

HTML	R脚本	Rhisat2
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	对齐,测序,软件,SplicedAlignment
版本	1.10.0
Bioconductor自	BioC 3.9 (r - 3.6)(3年)
许可证	GPL-3
取决于	R (> = 3.6)
进口	GenomicFeatures,SGSeq,GenomicRanges、方法、跑龙套
链接
建议	testthat,knitr,rmarkdown,BiocStyle
SystemRequirements	GNU使
增强了
URL	https://github.com/fmicompbio/Rhisat2
BugReports	https://github.com/fmicompbio/Rhisat2/issues
取决于我
进口我
建议我	eisaR,QuasR
我的链接
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 指示在R会话中使用这个包。

源包	Rhisat2_1.10.0.tar.gz
Windows二进制	Rhisat2_1.10.0.zip(32位和64位)
macOS 10.13(高山脉)	Rhisat2_1.10.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/Rhisat2
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ Rhisat2
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/Rhisat2/
包下载报告	下载数据