SCArray

DOI:10.18129 / B9.bioc.SCArray

这个包是版本3.14的Bioconductor;有关稳定的最新发布版本，请参见SCArray．

使用GDS文件进行大规模单细胞RNA-seq数据操作

Bioconductor版本:3.14

使用基因组数据结构(GDS)文件提供大规模单细胞RNA-seq数据操作。它将存储在GDS文件中的密集矩阵和稀疏矩阵与Bioconductor基础架构框架(singlecellexexperiment和DelayedArray)结合起来，使用R编程语言提供内存外数据存储和大规模操作。

作者:郑秀文[aut, cre]

维护者:郑秀文<秀文。郑在abbvie.com>

安装

要安装这个包，启动R(版本"4.1")并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("SCArray")

对于旧版本的R，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此软件包版本的文档，启动R并输入:

browseVignettes(“SCArray”)

超文本标记语言		概述
超文本标记语言	R脚本	使用GDS文件操作单细胞RNA-seq数据
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	DataImport，DataRepresentation，基础设施，RNASeq，SingleCell，软件
版本	1.2.1 "
在Bioconductor中	BioC 3.13 (R-4.1)(1年)
许可证	GPL-3
取决于	R (>= 3.5.0)，gdsfmt(>= 1.27.4)，方法DelayedArray(> = 0.16.0)
进口	BiocGenerics，S4Vectors，IRanges跑龙套,SummarizedExperiment，SingleCellExperiment，DelayedMatrixStats
链接
建议	矩阵，嘘，uwot，RUnit，knitr，减价，rmarkdown
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/AbbVie-ComputationalGenomics/SCArray
这取决于我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在您的R会话中使用此包的说明。

源包	SCArray_1.2.1.tar.gz
Windows二进制	SCArray_1.2.1.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	SCArray_1.2.1.tgz
源库	git clone https://git.bioconductor.org/packages/SCArray
源存储库(开发人员访问)	git clone git@git.bioconductor.org:packages/SCArray
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/SCArray/
软件包下载报告	下载数据