斯坦

DOI:10.18129 / B9.bioc.STAN

这个包是版本3.14的Bioconductor;有关稳定的最新发布版本，请参见斯坦。

基因组状态注释包

Bioconductor版本:3.14

基于隐马尔可夫模型的基因组分割已成为对启动子和增强子等基因组元件进行注释的有效工具。STAN(基因组状态注释)使用各种不同的概率分布实现(双向)隐马尔可夫模型(hmm)，它可以建模广泛的当前基因组数据(例如连续，离散，二进制)。STAN de novo学习并将基因组注释为给定数量的“基因组状态”。例如，“基因组状态”可能反映出不同的基因组相关蛋白复合物(例如;“转录状态”)或描述染色质特征的重复模式(称为“染色质状态”)。与其他工具不同，STAN还允许整合链特异性(例如RNA)和非链特异性数据(例如ChIP)。

作者:Benedikt Zacher, Julia Ertl, Rafael Campos-Martin, Julien Gagneur, Achim Tresch

维护者:Rafael campos - martin

安装

要安装这个包，启动R(版本"4.1")并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("STAN")

对于旧版本的R，请参考相应的Bioconductor释放。

文档

要查看系统中安装的此软件包版本的文档，启动R并输入:

browseVignettes(“斯坦”)

PDF	R脚本	基因组状态注释包
PDF		参考手册

细节

biocViews	ChIPSeq，ChipOnChip，GenomeAnnotation，HiddenMarkovModel，ImmunoOncology，微阵列，RNASeq，测序，软件，转录
版本	2.22.0
在Bioconductor中	BioC 3.0 (R-3.1)(7.5年)
许可证	GPL (>= 2)
取决于	方法,poilog、并行
进口	GenomicRanges，IRanges，S4Vectors，BiocGenerics，GenomeInfoDb，Gviz，Rsolnp
链接
建议	BiocStyle，gplots，knitr
SystemRequirements
增强了
URL
这取决于我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在您的R会话中使用此包的说明。

源包	STAN_2.22.0.tar.gz
Windows二进制	STAN_2.22.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	STAN_2.22.0.tgz
源库	git clone https://git.bioconductor.org/packages/STAN
源存储库(开发人员访问)	git clone git@git.bioconductor.org:packages/STAN
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/STAN/
软件包下载报告	下载数据