SeqGate

DOI:10.18129 / B9.bioc.SeqGate

此包适用于Bioconductor 3.14版;有关稳定的最新发布版本，请参见SeqGate．

低表达特征的滤波

Bioconductor版本:3.14

在进行统计分析之前，筛选低表达特征(例如基因)是一个常见的步骤，但通常选择一个任意的阈值。SeqGate实现了一种方法，通过分析重复样本中的计数分布来合理化这一步骤。门是一个阈值，超过这个阈值，序列特征可以被认为是自信量化的。

作者:Christelle Reynès [aut]， Stéphanie Rialle [aut, cre]

维护者:Stéphanie Rialle

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.1”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“SeqGate”)

超文本标记语言	R脚本	SeqGate:过滤低表达的特征
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	DifferentialExpression，GeneExpression，RNASeq，测序，软件，转录组
版本	1.4.0
在Bioconductor	BioC 3.12 (R-4.0)(1.5年)
许可证	GPL (>= 2.0)
取决于	S4Vectors，SummarizedExperiment，GenomicRanges
进口	统计数据、方法BiocManager
链接
建议	testthat(> = 3.0.0),刨边机，BiocStyle，knitr，rmarkdown
SystemRequirements
增强了
URL
BugReports	https://github.com/srialle/SeqGate/issues
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此包的说明。

源包	SeqGate_1.4.0.tar.gz
Windows二进制	SeqGate_1.4.0.zip(32位和64位)
macOS 10.13 (High Sierra)	SeqGate_1.4.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/SeqGate
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/SeqGate
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/SeqGate/
软件包下载报告	下载数据