SparseSignatures

DOI:10.18129 / B9.bioc.SparseSignatures

此包适用于Bioconductor 3.14版;有关稳定的最新发布版本，请参见SparseSignatures．

SparseSignatures

Bioconductor版本:3.14

基因组中发生的点突变可以根据被突变的碱基、被突变的碱基和它的两个侧翼碱基划分为96类。因此，对于任何患者，都可以将该患者肿瘤中发生的所有点突变表示为长度为96的向量，其中每个元素表示患者中给定类别的突变计数。突变标记表示细胞内由诱变原或诱变过程产生的突变模式。每个特征也可以用一个长度为96的向量表示，其中每个元素表示这个特定的诱变过程产生上述96个类别的突变的概率。在这个R包中，我们提供了一组函数来提取和可视化最能解释大量患者突变计数的突变签名。

作者:Daniele Ramazzotti [cre, aut]， Avantika Lal [aut]，刘科丽[ctb]， Luca De Sano [aut]， Robert Tibshirani [ctb]， Arend Sidow [aut]

维护者:Luca De Sano

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.1”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“SparseSignatures”)

PDF	R脚本	SparseSignatures
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	BiomedicalInformatics，软件，SomaticMutation
版本	测试盒框
在Bioconductor	BioC 3.7 (R-3.5)(4年)
许可证	文件许可证
取决于	R (>= 4.1.0)，NMF
进口	nnlasso，nnls平行,data.table，Biostrings，GenomicRanges，IRanges，BSgenome，GenomeInfoDb，ggplot2，gridExtra，reshape2
链接
建议	BiocGenerics，BSgenome.Hsapiens.1000genomes.hs37d5，BiocStyle，testthat，knitr
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/danro9685/SparseSignatures
BugReports	https://github.com/danro9685/SparseSignatures
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此包的说明。

源包	SparseSignatures_2.4.0.tar.gz
Windows二进制	SparseSignatures_2.4.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	SparseSignatures_2.4.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/SparseSignatures
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/SparseSignatures
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/SparseSignatures/
软件包下载报告	下载数据