TADCompare

DOI:10.18129 / B9.bioc.TADCompare

这个包是版本3.14的Bioconductor;有关稳定的最新发布版本，请参见TADCompare。

tad比较:鉴别和表征不同的tad

Bioconductor版本:3.14

TADCompare是一个R软件包，用于识别和表征多个Hi-C接触矩阵之间的差分拓扑相关域(tad)。它包含查找两个数据集之间的差分TADs，查找随时间变化的差分TADs以及识别跨多个矩阵的一致性TADs的函数。它接受所有主要类型的HiC输入，并返回简单、全面、易于分析的结果。

作者:Kellen Cresswell ， Mikhail Dozmorov < Mikhail。Dozmorov, vcuhealth.org>

维护者:Kellen Cresswell

安装

要安装这个包，启动R(版本"4.1")并输入:

如果(!require("BiocManager"，悄然= TRUE)) install.packages("BiocManager") biomanager::install("TADCompare")

对于旧版本的R，请参考相应的Bioconductor释放。

文档

要查看系统中安装的此软件包版本的文档，启动R并输入:

browseVignettes(“TADCompare”)

超文本标记语言	R脚本	基因本体富集分析
超文本标记语言	R脚本	输入数据格式
超文本标记语言	R脚本	两种情况的TAD比较
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	聚类，FeatureExtraction，嗝，测序，软件
版本	1.4.0
在Bioconductor中	BioC 3.12 (R-4.0)(1.5年)
许可证	MIT +文件许可证
取决于	R (>= 4.0)
进口	dplyr，PRIMME，集群，矩阵，magrittr，HiCcompare，ggplot2，tidyr，ggpubr，RColorBrewer，reshape2，cowplot
链接
建议	BiocStyle，knitr，rmarkdown，微基准测试，testthat，covr，pheatmap，rGREAT，SpectralTAD
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/dozmorovlab/TADCompare
BugReports	https://github.com/dozmorovlab/TADCompare/issues
这取决于我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在您的R会话中使用此包的说明。

源包	TADCompare_1.4.0.tar.gz
Windows二进制	TADCompare_1.4.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	TADCompare_1.4.0.tgz
源库	git clone https://git.bioconductor.org/packages/TADCompare
源存储库(开发人员访问)	git clone git@git.bioconductor.org:packages/TADCompare
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/TADCompare/
软件包下载报告	下载数据