TargetDecoy

DOI:10.18129 / B9.bioc.TargetDecoy

此包适用于Bioconductor 3.14版;有关稳定的最新发布版本，请参见TargetDecoy．

评估目标诱饵方法的诊断图

Bioconductor版本:3.14

基于质谱(MS)的蛋白质组学数据分析的第一步是识别多肽和蛋白质。在这方面，大量的实验质谱通常必须分配给从序列数据库中获得的理论肽。搜索引擎就是用于这个目的的。这些工具将每个观测到的光谱与从序列数据库中导出的所有候选理论光谱进行比较，并为每个比较计算一个分数。然后将观察到的光谱分配给得分最好的理论肽，也称为肽与光谱匹配(PSM)。当然，对下游分析来说，评估这些比赛的质量是至关重要的。因此，使用虚假发现率(FDR)控制来返回可靠的psm列表。然而，FDR需要很好地描述与错误肽相匹配的psm的得分分布(不良目标命中)。在蛋白质组学中，目标诱骗方法(TDA)通常用于此目的。TDA方法将光谱与真实(目标)和无意义肽(诱饵)的数据库相匹配。 A popular approach to generate these decoys is to reverse the target database. Hence, all the PSMs that match to a decoy are known to be bad hits and the distribution of their scores are used to estimate the distribution of the bad scoring target PSMs. A crucial assumption of the TDA is that the decoy PSM hits have similar properties as bad target hits so that the decoy PSM scores are a good simulation of the target PSM scores. Users, however, typically do not evaluate these assumptions. To this end we developed TargetDecoy to generate diagnostic plots to evaluate the quality of the target decoy method.

作者:Elke Debrie [aut, cre]， Lieven Clement [aut]，米兰·马尔菲特[au]

维护者:Elke Debrie

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.1”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

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browseVignettes(“TargetDecoy”)

超文本标记语言	R脚本	TargetDecoy简介
PDF		参考手册

细节

biocViews	MassSpectrometry，蛋白质组学，质量控制，软件，可视化
版本	1.0.0
在Bioconductor	BioC 3.14 (R-4.1)(< 6个月)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (>= 4.1)
进口	ggplot2，ggpubr、方法、mzID，mzR,统计数据
链接
建议	BiocStyle，knitr，msdata，sessioninfo，rmarkdown，gridExtra，testthat(> = 3.0.0),covr
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/statOmics/TargetDecoy
BugReports	https://github.com/statOmics/TargetDecoy/issues
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构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此包的说明。

源包	TargetDecoy_1.0.0.tar.gz
Windows二进制	TargetDecoy_1.0.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	TargetDecoy_1.0.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/TargetDecoy
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/TargetDecoy
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/TargetDecoy/
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