Uniquorn

DOI:10.18129 / B9.bioc.Uniquorn

这个包是3.14版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅Uniquorn。

识别癌症细胞系的基于加权突变/变分指纹

Bioconductor版本:3.14

该方案允许用户识别癌症细胞系。癌症细胞系误认和交叉污染reprents癌症研究人员的一个重大挑战。识别是至关重要的,这个包的框架基于位置/体细胞和生殖系突变位点/变化。输入格式vcf / vcf。广州和文件必须包含一个癌症细胞系样本(即一个单一的成员/基因型/ gt vcf文件中的列)。实现的方法是优化下一代全外显子组和全基因组dna测序技术。RNA-seq数据很可能工作但还没有严密的测试。Panel-seq需要手动调整阈值

作者:Raik奥托

维护人员:< Raik Raik奥托。奥托在hu-berlin.de >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“Uniquorn”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“Uniquorn”)

HTML	R脚本	Uniquorn装饰图案
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	ExomeSeq,ImmunoOncology,软件,StatisticalMethod,WholeGenome
版本	2.14.0
Bioconductor自	BioC 3.3 (r - 3.3)(6年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (> = 3.5)
进口	stringr,R.utils,WriteXLS统计数据,doParallel,foreach,GenomicRanges,IRanges,VariantAnnotation
链接
建议	testthat,knitr,rmarkdown,BiocGenerics,RUnit
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 指示在R会话中使用这个包。

源包	Uniquorn_2.14.0.tar.gz
Windows二进制	Uniquorn_2.14.0.zip
macOS 10.13(高山脉)	Uniquorn_2.14.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/Uniquorn
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ Uniquorn
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/Uniquorn/
包下载报告	下载数据