VCFArray

DOI:10.18129 / B9.bioc.VCFArray

此包适用于Bioconductor 3.14版;有关稳定的最新发布版本，请参见VCFArray。

将磁盘上/远程VCF文件表示为类似数组的对象

Bioconductor版本:3.14

VCFArray扩展了DelayedArray，将VCF数据项表示为类似数组的对象，并将磁盘上/远程VCF文件作为后端。VCF文件中的数据项，包括info字段、FORMAT字段和固定列(REF、ALT、QUAL、FILTER)，可以转换为不同维度的VCFArray实例。

作者:刘谦[aut, cre]，马丁·摩根[aut]

维护者:Qian Liu

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.1”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放。

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“VCFArray”)

超文本标记语言	R脚本	VCFArray:具有磁盘上/远程VCF后端的DelayedArray对象
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	DataRepresentation，基础设施，测序，软件，VariantAnnotation
版本	1.10.0
在Bioconductor	BioC 3.9 (R-3.6)(3年)
许可证	GPL-3
取决于	R(>= 3.6)，方法，BiocGenerics，DelayedArray(> = 0.7.28)
进口	工具,GenomicRanges，VariantAnnotation(> = 1.29.3),GenomicFiles(> = 1.17.3),S4Vectors(> = 0.19.19),Rsamtools
链接
建议	SeqArray，BiocStyle，BiocManager，testthat，knitr，rmarkdown
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/Liubuntu/VCFArray
BugReports	https://github.com/Liubuntu/VCFArray/issues
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此包的说明。

源包	VCFArray_1.10.0.tar.gz
Windows二进制	VCFArray_1.10.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	VCFArray_1.10.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/VCFArray
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/VCFArray
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/VCFArray/
软件包下载报告	下载数据