VanillaICE

DOI:10.18129 / B9.bioc.VanillaICE

这个包是3.14版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅VanillaICE。

高通量基因序列的隐马尔可夫模型

Bioconductor版本:3.14

隐马尔可夫模型描述染色体改变的高吞吐量SNP数组。

作者:人(“罗伯特”、“Scharpf”、电子邮件=“rscharpf@jhu.edu”,角色= c (“aut”、“中铁快运”))

维护人员:R.B. Scharpf < rscharpf jhu.edu >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“VanillaICE”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“VanillaICE”)

PDF	R脚本	crlmmDownstream
PDF	R脚本	VanillaICE装饰图案
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	CopyNumberVariation,软件
版本	1.56.3
Bioconductor自	BioC 2.1 (r - 2.6)(14.5年)
许可证	LGPL-2
取决于	R (> = 3.5.0),BiocGenerics(> = 0.13.6),GenomicRanges(> = 1.27.6),SummarizedExperiment(> = 1.5.3)更正
进口	MatrixGenerics,Biobase,S4Vectors(> = 0.23.18),IRanges(> = 1.14.0),oligoClasses(> = 1.31.1),foreach,matrixStats,data.table、网格晶格、方法、GenomeInfoDb(> = 1.11.4),crlmm、工具、统计、跑龙套,BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg18
链接
建议	RUnit,human610quadv1bCrlmm
SystemRequirements
增强了	doMC,doMPI,doSNOW,doParallel,doRedis
URL
取决于我	MinimumDistance
进口我
建议我	oligoClasses
我的链接
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 指示在R会话中使用这个包。

源包	VanillaICE_1.56.3.tar.gz
Windows二进制	VanillaICE_1.56.3.zip
macOS 10.13(高山脉)	VanillaICE_1.56.3.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/VanillaICE
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ VanillaICE
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/VanillaICE/
包下载报告	下载数据