annmap

DOI:10.18129 / B9.bioc.annmap

这个包是版本3.14的Bioconductor;有关稳定的最新发布版本，请参见annmap。

基因组注释和可视化包有关Affymetrix阵列和NGS分析。

Bioconductor版本:3.14

annmap为Affymetrix外显子阵列和基于坐标的查询提供注释映射，以支持深度测序数据分析。数据库访问隐藏在API后面，API提供了一组函数，如genesInRange()， geneToExon()， exonDetails()等。还提供了绘制基因结构和BAM文件数据的功能。底层数据来自Ensembl。annmap数据库可以从https://figshare.manchester.ac.uk/account/articles/16685071下载

作者:Tim Yates

维护者:Chris Wirth

安装

要安装这个包，启动R(版本"4.1")并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("annmap")

对于旧版本的R，请参考相应的Bioconductor释放。

文档

要查看系统中安装的此软件包版本的文档，启动R并输入:

browseVignettes(“annmap”)

PDF		Annmap安装说明
PDF		annmap底漆
PDF		Annmap烹饪书
PDF		参考手册
文本		自述
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	注释，微阵列，OneChannel，ReportWriting，软件，转录，可视化
版本	1.36.99
在Bioconductor中	BioC 2.11 (R-2.15)(9.5年)
许可证	GPL-2
取决于	R (>= 2.15.0)， methods;GenomicRanges
进口	DBI，RMySQL(0.6 > = 0),消化，Biobase、网格晶格，Rsamtools，genefilter，IRanges，BiocGenerics
链接
建议	RUnit，rjson，Gviz
SystemRequirements
增强了
URL	https://gitlab.com/cruk-mi/annmap
这取决于我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在您的R会话中使用此包的说明。

源包	annmap_1.36.99.tar.gz
Windows二进制
macOS 10.13 (High Sierra)	annmap_1.36.99.tgz
源库	Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/annmap
源存储库(开发人员访问)	Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/annmap
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/annmap/
软件包下载报告	下载数据