benchdamic

DOI:10.18129 / B9.bioc.benchdamic

这个包是3.14版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅benchdamic。

基准的微分丰富微生物组数据的方法

Bioconductor版本:3.14

从微生物数据集(16 s或WMS绝对计数的值)可以执行几个分析,评估许多微分丰度检测方法的性能。基本微分丰富和标准化版本的主要分析方法提供,但用户也可以将他的方法添加到基准。分析关注4个主要方面:1)每个方法的拟合优度分布假设观察计数数据,2)的能力控制错误发现率,3)之间的内部和方法的一致性,iv)研究结果的真实性,如果任何先验的知识。几个图形函数可用于可视化结果。

作者:Matteo Calgaro (aut (cre)

维护人员:Matteo Calgaro < mcalgaro93 gmail.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“benchdamic”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

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HTML	R脚本	介绍
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细节

biocViews	DifferentialExpression,宏基因组,微生物组,MultipleComparison,归一化,预处理,软件
版本	1.0.0
Bioconductor自	BioC 3.14 (r - 4.1)(< 6个月)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (> = 4.1.0)
进口	统计数据、stats4跑龙套、方法phyloseq,BiocParallel,zinbwave,刨边机,DESeq2,limma,ALDEx2,玉米棒子,SummarizedExperiment,桅杆,修拉,metagenomeSeq,MGLM,ggplot2,RColorBrewer,plyr,ffpe,reshape2,ggdendro、图形、cowplot
链接
建议	knitr,rmarkdown,HMP16SData,curatedMetagenomicData,BiocStyle,testthat
SystemRequirements
增强了
URL
BugReports	https://github.com/mcalgaro93/benchdamic/issues
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包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 指示在R会话中使用这个包。

源包	benchdamic_1.0.0.tar.gz
Windows二进制	benchdamic_1.0.0.zip
macOS 10.13(高山脉)	benchdamic_1.0.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/benchdamic
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ benchdamic
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/benchdamic/
包下载报告	下载数据