biodb

DOI:10.18129 / B9.bioc.biodb

这个包是版本3.14的Bioconductor;有关稳定的最新发布版本，请参见biodb。

Biodb，一个连接化学和生物数据库的库和开发框架

Bioconductor版本:3.14

biodb包提供了对标准远程化学和生物数据库(ChEBI, KEGG, HMDB，…)以及内部本地数据库文件(CSV, SQLite)的访问，可以轻松检索条目，访问web服务，按质量和/或名称搜索化合物，以及LCMS和MSMS的质谱匹配。它作为开发框架的体系结构有助于为本地项目或单独发布的包开发新的数据库连接器。

作者:Pierrick Roger [aut, cre]，亚历克西斯·德拉布里安德雷[英]

维护者:Pierrick收到< Pierrick。收到，请收听bbc

安装

要安装这个包，启动R(版本"4.1")并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("biodb")

对于旧版本的R，请参考相应的Bioconductor释放。

文档

要查看系统中安装的此软件包版本的文档，启动R并输入:

browseVignettes(“biodb”)

超文本标记语言	R脚本	创建用于访问数据库的新连接器类。
超文本标记语言	R脚本	为条目创建一个新字段。
超文本标记语言	R脚本	详细介绍一般*生物*的用法和原则
超文本标记语言	R脚本	biodb包的介绍。
超文本标记语言	R脚本	操作条目对象
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	DataImport，基础设施，KEGG，软件
版本	1.2.2
在Bioconductor中	BioC 3.13 (R-4.1)(1年)
许可证	AGPL-3
取决于	R (>= 4.1.0)
进口	BiocFileCache，R6，RCurl，RSQLite，Rcpp，XML，嗯，jsonlite，lgr，生命周期、方法、openssl，plyr，进步，rappdirs统计数据,stringr、工具、withr，yaml
链接	Rcpp，testthat
建议	BiocStyle，roxygen2，devtools，testthat(> = 2.0.0),knitr，rmarkdown，covr，xml2，git2r
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/pkrog/biodb
BugReports	https://github.com/pkrog/biodb/issues
这取决于我
进口我	biodbChebi，biodbHmdb，biodbKegg，biodbLipidmaps，biodbUniprot
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在您的R会话中使用此包的说明。

源包	biodb_1.2.2.tar.gz
Windows二进制	biodb_1.2.2.zip(32- & 64位)
macOS 10.13 (High Sierra)	biodb_1.2.2.tgz
源库	Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/biodb
源存储库(开发人员访问)	Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/biodb
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/biodb/
软件包下载报告	下载数据