ctgGEM

DOI:10.18129 / B9.bioc.ctgGEM

这个包是3.14版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅ctgGEM。

生成树层次结构从基因表达数据可视化

Bioconductor版本:3.14

细胞为基因表达矩阵树发电机(ctgGEM)简化了建筑形态的层次结构从单细胞基因表达数据跨多个现有工具改进的可比性和再现性。它支持从monocle pseudotemporal排序算法和可视化工具,cellTree, TSCAN, sincell,和命运,并提供了一个统一的输出格式与下游数据分析工作流和Cytoscape集成。

作者:马克块(aut)中,凯莉米(aut),普Radichev (aut),艾蒂安Gnimpieba (aut),玛丽亚·霍夫曼(aut),生物医学工程(aut (cre)美元

维修工:生物医学工程美元< bicbioeng gmail.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“ctgGEM”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

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HTML	R脚本	ctgGEM
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	聚类,DataImport,DifferentialExpression,GeneExpression,ImmunoOncology,MultipleComparison,质量控制,RNASeq,测序,SingleCell,软件,可视化
版本	1.6.0
Bioconductor自	BioC 3.11 (r - 4.0)(2年)
许可证	GPL (> = 2)
取决于	单片眼镜,SummarizedExperiment
进口	Biobase,BiocGenerics、图形、grDevicesigraph,矩阵、方法、跑龙套sincell,TSCAN
链接
建议	BiocStyle,biomaRt,HSMMSingleCell,irlba,knitr,rmarkdown,VGAM
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 指示在R会话中使用这个包。

源包	ctgGEM_1.6.0.tar.gz
Windows二进制	ctgGEM_1.6.0.zip
macOS 10.13(高山脉)	ctgGEM_1.6.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/ctgGEM
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ ctgGEM
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/ctgGEM/
包下载报告	下载数据