刨边机

DOI:10.18129 / B9.bioc.edgeR

此包适用于Bioconductor 3.14版;有关稳定的最新发布版本,请参见刨边机

R .数字基因表达数据的实证分析

Bioconductor版本:3.14

生物复制RNA-seq表达谱的差异表达分析。实现了一系列基于负二项分布的统计方法,包括经验贝叶斯估计、精确检验、广义线性模型和准似然检验。除了RNA-seq,它还可以应用于其他类型的基因组数据的差分信号分析,包括ChIP-seq, ATAC-seq, Bisulfite-seq, SAGE和CAGE。

作者:陈云顺,Aaron TL伦,Davis J McCarthy, Matthew E Ritchie, Belinda Phipson,胡一芳,周晓北,Mark D Robinson, Gordon K Smyth

维护者:陈云顺, Gordon Smyth < Smyth at wehi.edu.au>, Aaron Lun < infinity .monkeys.with。键盘在gmail.com>,马克罗宾逊<马克。罗宾逊在imls.uzh.ch>

引文(从R内,输入引用(磨边机)):

安装

要安装此包,请启动R(版本“4.1”)并输入:

如果(!require("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:

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PDF 磨边机装饰图案
PDF edgeRUsersGuide.pdf
PDF 参考手册
文本 新闻

细节

biocViews AlternativeSplicingBatchEffect贝叶斯BiomedicalInformaticsCellBiologyChIPSeq聚类报道DNAMethylationDifferentialExpressionDifferentialMethylationDifferentialSplicing表观遗传学FunctionalGenomicsGeneExpressionGeneSetEnrichment遗传学ImmunoOncologyMultipleComparison归一化通路质量控制RNASeq回归圣人测序软件SystemsBiologyTimeCourse转录转录组
版本 3.36.0
在Bioconductor BioC 2.3 (R-2.8)(13.5年)
许可证 GPL (> = 2)
取决于 R (>= 3.6.0),limma(> = 3.41.5)
进口 方法,图形,统计,utils,locfitRcpp
链接 Rcpp
建议 jsonlitereadrrhdf5样条函数,BiobaseAnnotationDbiSummarizedExperimentorg.Hs.eg.db
SystemRequirements c++ 11
增强了
URL http://bioinf.wehi.edu.au/edgeR//www.andersvercelli.com/packages/edgeR
全靠我 ASpliEGSEA123感兴趣methylMnMmiloRReactomeGSA.dataRNAseq123rnaseqDTURnaSeqGeneEdgeRQLRNASeqRRnaSeqSampleSizeDataRUVSeq移行细胞癌tRanslatome
进口我 affycoretoolsanota2seqArrayExpressHTSATACseqQC自治AWFisherbaySeqbenchdamicBioQCcenscytChromSCapecircRNAprofilerclusterExperimentCNVRangercompcodeRconsensusDEcoseqcountsimQCcrossmetacsawDaMiRseqdcedebrowserDEComplexDisease反编排DEGreportDEsubsdiffcytdiffHicdiffloopdiffUTRDMRcate定量给料器DRIMSeqDropletUtilseasyRNASeqeegcEGSEAeisaRemtdataEnrichmentBrowsererccdashboardERSSAExpHunterSuiteGDCRNAToolsGlimmaGSEABenchmarkeRHTSFiltericeteainfercnvIsoformSwitchAnalyzeRKnowSeqMaaslin2MEDIPSmetaseqR2microbiomeMarkerMIGSAMLSeqmoaninmsgbsRmsmsTestsmultiHiCcompare马斯喀特NBSplicePathoStatPhIPDatappcseq适当的psichomicsRCMrecountWorkflowregspliceRepitoolsReportingToolsRnaSeqSampleSizeROSeqscCB2scde司康饼食物SEtoolsSIMDSingleCellSignalRsingscoreSingscoreAMLMutations麻雀spatialHeatmap飞溅SPsimSeqsrnadiffSTATegRa股东价值分析TBSignatureProfilerTCseqTimeSeriesExperimenttradeSeqtreekoRtweeDEseqvidgerzinbwave
建议我 ABSSeqbigPintbiobroomCAGEWorkflowchipseqDBClassifyRclonotypeRcqncydardcanrdearseqDEScan2dittoSeqeasyreportingEDASeqgCrisprToolsGenomicAlignmentsGenomicRangesglmGamPoigoseqgroHMMGSARGSVA理想的iSEEuleeBamViewsmissMethylmultiMiR重新计票regionReportribosomeProfilingQC土星SeqGate经验丰富的人subSeqSummarizedBenchmarksystemPipeRTCGAbiolinkstidybulktopconfectstximetatximportvariancePartitionweitrix扳手zFPKM
链接到我
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此包的说明。

源包 edgeR_3.36.0.tar.gz
Windows二进制 edgeR_3.36.0.zip(32位和64位)
macOS 10.13 (High Sierra) edgeR_3.36.0.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/edgeR
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:packages/edgeR
包短Url //www.andersvercelli.com/packages/edgeR/
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